根据以往的实验结果，磷酸化残基的第二个质子的pKa大约在6左右。因此在中性条件下，磷酸化的残基大部分以无质子的负二价磷酸盐存在，少部分以带一个质子的负一价磷酸盐存在。使用相关软件处理相关残基时，软件一般都会默认处理成无质子的负二价磷酸盐。

参考文献：（1）N. Homeyer, A.H.C. Horn, H. Lanig, H. Sticht. J. Mol. Model. 2006, 12, 281-289. 

AMBER force field parameters for phosphorylated amino acids in different protonation states: phosphoserine, phosphothreonine, phosphotyrosine and phosphohistidine

（2）Bienkiewicz EA, Lumb KJ.  (1999) J Biomol NMR 15:203–206