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最近阅读文献,想使用OPLS-AA中的力场参数,发现OPLS-AA力场中的原子的非键参数epsilon(ε)相同,但是sigma(σ)参数和amber中的对不上,最后发现两个力场中sigma(σ)参数的定义有点区别:
OPLS-AA力场使用的是σ
Amber默认状态下使用的是rmin/2
所以出现了差别!
下式为两者的换算关系:
另外,两个力场使用的单位也不太一样,使用的时候千万注意转换!
OPLS-AA sigma(σ) nm epsilon(ε) kJ/mol
Amber Rmin/2 Å epsilon(ε) kcal/mol
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GMT+8, 2024-7-28 02:34
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