对于一个mm_pbsa.pl文件中包含以下部分

@general

@makecrd （This section is only relevant if GC = 1 OR AS = 1）

@trajectory

@PB

@MM

@GB

@MS(if MS==0,and GB==1,使用LCPO（GBSA=1）or ICOSA(GBSA=2)计算非极性贡献；若MS=0，PB=1，使用INP计算非极性贡献)

@DECOMP（when using DC, MM and GB must be set to 1）

@programs

提取坐标：@general+@makecrd+@trajectory

上述三个选项卡的内容说明参考下面的转载地址：http://gohom.win/2016.03.30/amber-mmpbsa/

              GC==1；AS/DC/MM/GB/PB/MS/NM==0

              若受体有两个，则NUMBER_REC_GROUPS==2

                                       RSTART==第一个受体原子起始编号

                                       RSTOP==第一个受体原子结束编号

                                       RSTART==第二个受体原子其实编号

                                       RSTOP==第二个受体原子结束编号

           若有多个配体，原理同上

         编号尽量使用ambpdb -p complex.prmtop <complex.rst7> complex.pdb 中的编号确定，以防受体蛋白中的活性水分子编号改变

能量计算：@general+@PB+@MM+@GB+@MS

@PB

PB parameters (this section is only relevant if PB=1 above in @gengral)

PROC: 确定解PB方程的方法，Delphi（PROC==1），PBSA（PROC==2），APBS（PROC==3），默认 设置为2

REFE：确定PB计算中要使用的参考态。默认设置为0是使用EXDI/INDI计算reaction field energy。Here，INDI必须与@MM中的DIELC保持一致

INDI/EXDI：溶质和溶剂的介电常数，默认1.0和80.0

ISTRNG：Poisson-Boltzmann solvent 中的离子强度（in mM）

SCALE：每埃多少格的Lattice spacing

LINIT： 线性PB方程的最大迭代次数

RADIOPT：PB计算的原子半径采用的方法

                 0 使用输入的prmtop文件中的半径，Default；

                 1 使用通过Tan和Luo优化的半径（Tan&Lou，J。Phys.Chem.B, 2006,110,18680-18687）.注意：优化的半径基于Amber原子类型（大写），使用Amber内置处理，如果原子类型由antechamber(小写)定义，则使用prmtop文件中的半径

ARCERS:溶剂可及的弧度的点的分辨率（埃），越小越精确。默认0.25，0.0625是pbsa的参数

IVCAP：1 从水盒子中切下溶剂球，溶剂球由CUTCAP，XCAP，YCAP，ZCAP指定

             5 切下溶剂壳，由CUTCAP确定

              溶剂化自由能的静电部分是使用显式溶剂加上来自于球外部的reaction field contribution的线性响应估算的，此外非极性贡献是通过溶质和溶剂的diapersion interactions （吸引）加上空腔贡献（排斥）来估算的。（Gohlke&Case, J.comput. Chem.2004,25,238-250）,对于后者表面计算必须使用MS=1 ，PROBE应该设为1.4来获得solvent excluded surface.在这种情况下，键和半径会被用作腔半径

CUTCAP：水球的半径或水壳的厚度

XCAP/YCAP/ZCAP：Location of the center of the sphere

NP parameters for nonpolar solvation energies if MS=0

INP:非极性溶剂化自由能计算方法，见sander PB documentation for more information

     1 使用solvent-accessible-surface area 来校正total nonpolar solvation free energy：Gnp = SURFTEN * SASA +SURFOFF(default)

     2 使用solvent-accessible-surface area 仅校正repulsive（cavity）项，使用surface-integration来计算attractive（dispersion）项：Gnp=Gdisp(吸引)+Gcavity(排斥)=Gdisp+SURFIEN*SASA+SURFOFF

  当此参数使用，RADIOPT应设为1

SURFTEN/SURFOFF：依据INP中使用的方法计算非极性溶剂化自由能的参数

                                若INP==1，RADIOPT=0（default），使用的参数值要适合于prmtop文件中的半径，例如SURFTEN：0.00542，SURFOFF：0.92 for PARSE radii

                                若INP==2，RADIOPT=1，则设置SURFTEN：0.0378；OFFSET：-0.5692

NP parameters for nonpolar solvation energies if MS=1

SURFTEN/SURFOFF：根据以下公式计算去溶剂化的非极性贡献Gnp的值

         (I)  Gnp = SURFTEN * SASA + SURFOFF (if IVCAP == 0)
           Use parameters that fit with the radii from the reaction field
           calculation. E.g., use SURFTEN: 0.00542, SURFOFF: 0.92 for
           PARSE radii
         (II) Gnp = Gdisp + Gcavity = Gdisp + SURFTEN * SESA + SURFOFF (IVCAP > 0)
           Nonpolar solvation free energy calculated as discribed for IVCAP > 0
           above. In this case use SURFTEN: 0.069; SURFOFF: 0.00 for
           calculating the Gcavity contribution.

@MM

   MM parameters (this section is only relevant if MM = 1 above)

DIELC：Dielectricity constant for electrostatic interactions.

@GB parameters (this section is only relevant if GB = 1 above)  

   IGB：Tsui's GB (1)和Onufriev's GB (2, 5)之间的开关

   GBSA：计算SASA方法 LCPO (1) and ICOSA (2)之间的开关

   SALTCON：Concentration (in M) of 1-1 mobile counterions in solution.

   EXTDIEL/INTDIEL：溶剂/溶质介电常数

   SURFTEN / SURFOFF：Values used to compute the nonpolar contribution Gnp to the desolvation according to Gnp = SURFTEN * SASA + SURFOFF. Choose SURFTEN and SURFOFF values according to the selected GB model, e.g.:
                                 IGB=1 : SURFTEN=0.0072, SURFOFF=0.0, mbondi radii
                                             (Tsui & Case, Biopolymers 2000, 56, 275-291)
                                 IGB=2 : SURFTEN=0.005, SURFOFF=0.0, mbondi2 radii
                                              (Onufriev et al, Proteins 2004, 55, 383-394)
                                 IGB=5 : SURFTEN=0.005, SURFOFF=0.0, mbondi2 radii
                                              (Onufriev et al, Proteins 2004, 55, 383-394)

@MS

   Molsurf parameters (this section is only relevant if MS = 1 above) 

   PROBE：用来计算SAS的探测球半径，通常情况下，因为Bondi 半径已经增加了1.4A，所以PROBE应该为0.0

                  在IVCAP=1 or 5，在计算空腔贡献时排除溶剂表面是必须的，Bondi半径没有增加，则PROBE应设为1.4