在NUS学VASP_Chapter_2_在NUS可以用的超算

1. 写在前面

        VASP是一款Linux下的软件包，所以，如果习惯了Win系统的同学，可能会像我一样，最初很不适应，甚至连软件都不会安装。不过别怕，咱们这个教程针对的就是菜鸟，毕竟我也曾经是个菜鸟，菜鸟懂菜鸟。接下来的文章里，我默认所有看官都是没用过Linux的。

        下面我将介绍NUS学生可以使用到的超算（HPC, high-performance computer），如果不是NUS的学生，可能参考价值不大。但是其中Putty的使用，如何连接超算，这些知识可能是普适的。

        如果你和我一样，是新加坡国大的学生（NUS），那么有两个超算你可以用，分别是：1.NUS-HPC和 2. NSCC。下面我对这两个资源做一点简单介绍。

2. 在Windows系统下登录NUS-HPC

    2.1 NUS-HPC 是NUS学生都可以用的资源，而且好像是没有机时限制的，缺点就是节点比较少，有时候排队时间长的要命。官网啊在这里。https://nusit.nus.edu.sg/services/hpc/about-hpc/

    2.2 第一步，你当然需要注册了账号了，https://nusit.nus.edu.sg/services/hpc/getting-started/registration-guide/，在这里进行注册，还是很简单的，用户名就是自己的NETID，密码就是自己的NETID的密码。

    2.3 拥有了属于自己的账号，下面我们可以进行连接了。假定你现在和我当时一样，手头并没有一台安装了Linux系统的电脑，还是在用Win系统的电脑，那么你就需要一款软件，这里我推荐一个Putty。为啥推荐它呢，因为它是免费的，而且功能足够我们初学者使用了。网址在这里https://www.putty.org/。这个程序很小，800kB大小吧，Win用户直接下那个.exe文件就好，看清楚是32位还是64位，如何知道自己电脑是多少位系统呢，https://support.hp.com/cn-zh/document/c02012404。这个网上也有很多解答，我就不多说了。

        接下来就需要确定我们的登录信息了，首先，我们要确定一下登录的服务器的名字，host name。通过NUS HPC的官网我们https://nusit.nus.edu.sg/services/hpc/getting-started/introductory-guide-for-new-hpc-users/，我们可以看到如下信息：

        然后我们就以atlas6-c01.nus.edu.sg这个host为例来登录超算，我们双击putty.exe，然后按照下图设置你的登录信息：

        这里E0046935是我的账号名称，@后面跟的是host name，你需要把账号名字替换成你自己的。同时在Saved Sessions下面那个空白处填一个简称，然后点一下Save，这样登录信息就保存了，方便下次登录（下次就不用再输入一遍信息了）；保存好后，点右下方的Open，然后会弹出来一个框：

        只要你host name是写对了的，你就点Yes表示信任这个Host。然后就提示你输密码：

        很多同学发现自己不管打什么，冒号后面一直都啥也不出现，大家不要担心，Linux系统就是这样，其实已经打进去了，只是不会显示出来那一堆小星号********而已，密码就是你的NETID密码，输入完毕后回车，你就可以成功登陆超算了，登陆后的界面如下：

        恭喜你，你成功的登陆了超算了！

3. Linux系统下登陆NUS HPC

        上面介绍的Windows下登陆NUS的超算略复杂，而且根据NUS HPC官网，还有其他的登录方式，我只介绍了我比较顺手的方式，其他方式大家可以根据NUS HPC官网的提示选择自己喜欢的登陆方式（不过我相信大多数新手也懒得搞，嘿嘿）。

        如果你已经有了一台Linux操作系统的机器，那么就很好。如果没有，下面我给你一些建议。Linux有很多成熟的发行版，市面上的Linux操作系统也是有五花八门的发行版，因为其源码是公开的，理论上任何人都可以开发自己的Linux操作系统；市面上最常见的几个发行版就是Ubuntu，CentOS，Redhat等，（我对计算机方面不是很通，上面这段表述不是很严谨）。你可以简单的理解为，有人把一段好木材免费拿出来给大家用，有些人做成了凳子，有些人做成了长棍，有些人很厉害搭了一个太和殿。对于新手，我推荐Ubuntu，因为它有图形用户界面（GUI，Graphical User Interface），和Windows的跨度没有那么大，对新手用户比较友好。而且，Ubuntu是免费的。至于怎么装，希望大家自己百度或者谷歌，我这里篇幅有限。

        至于我自己，我是把一个U盘做成启动盘安装的Ubuntu，做法也是百度来的，之前我也没装过系统（可见做计算化学举步维艰，全都要靠自己学）。具体说就是，我给自己已经有Win7的台式机装了Ubuntu，所以我的台式机目前是双系统，进入前需要选择进入哪个系统。机器比较好的大佬，也可以搞虚拟机，虚拟机我也试过，感觉不舒服就放弃了，怎么做虚拟机网上也有教程。

        当然，我还很作死的，把自己的Surface 3 Pro刷成了Ubuntu系统，原来的正版Win10没了...这个算是一个不好的尝试，大家别学我，虽然我的Surface目前还是Ubuntu且我也没有打算装回Win10。将来我打算搞个新笔记本，里面装上双系统吧。

        还有更骚的操作，就是Win10最新推出的Ubuntu功能，http://bbs.keinsci.com/thread-6597-1-1.html，这个帖子里有介绍。我还没有试，因为我现在没有正版Win10，台式机是学校的，只给我装了Win7正版。

        总之，条条大路通罗马，不管是双系统，虚拟机，还是Win10的Ubuntu子系统，我希望大家至少有一台能运行Ubuntu的机器就好，因为后面有些功能和软件包的介绍我会在Ubuntu系统下演示。谢谢大家！

*其实我们上一节登录的NUS HPC用的就是CentOS系统，这个操作系统对新手来说有点“冰冷”，简介且没有GUI，当年我一登录直接懵逼了，不知道我在哪里。不过我们后面会慢慢习惯。CentOS里就是各种命令来完成我们平时在Win里习惯用鼠标做的事情。

如果你已经成功进入了自己的Linux系统，且你用的是Ubuntu，那么键盘上用ctrl-Alt-T就可以打开自己的终端了，你可以用终端控制你的操作系统做任何事（是的，理论上是任何事！）。在命令行打一行：

ssh e0046935@atlas6-c01.nus.edu.sg

然后选择信任Host输入yes，之后的输入密码（依然没有*出现，输完回车就好），就登录超算了。

恭喜你，不论是Win还是Linux，你都可以登录NUS的超算了！