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AMBER中mdout_analyzer.py和ambpdb的使用

First release：2018-07-22  Last update: 2018-07-22

本文内容基于Amber最新版本Amber18

mdout_analyzer.py 是快速分析sander和pmemd计算得到的out文件中的能量的脚本，需要安装numpy和matplotlib包。使用方法如下：

mdout_analyzer.py <mdout1> <mdout2> <mdout3> ... <mdoutN>

所有的mdout文件将组合到一起。会打开一个GUI窗口，按钮中包含了所有的能量组分，可以对每种数据进行单独的分析。

这种方法看起来很简单，其实有点复杂。可以用另一个脚本代替：

process_mdout.perl md1.out md2.out ... mdn.out

process_mdout.perl 是amber进行能量分析的perl脚本，能够从mdout文件中提取出所有信息，包括温度、压力、势能、密度、体积等。

    ambpdb是将amber中的坐标文件转换成pdb文件的工具，其用法如下：

ambpdb -p prmtop -c md1.rst > 1.pdb

其中-p表示参考拓扑文件prmtop中的原子名称信息，-c表示载入模拟的坐标，可以读取所有cpptraj能够识别的文件。也可以加上-mol2，输出包含所有原子成键信息的mol2文件。

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