以下所有内容均属于个人学习过程中的总结，如有错误，欢迎批评指正！

Autodock 分子对接教程

First release：2017-01-31  Last update: 2018-01-31

Autodock是一款分子对接软件包，开源且免费，官方网址是http://autodock.scripps.edu/，目前最新的版本是AutoDock 4.2.6，包括AutoDock和AutoGrid两个模块，AutoDock软件包下载地址为http://autodock.scripps.edu/downloads/autodock-registration/autodock-4-2-download-page/，包括Linux、Mac OS和Windows版本以及源代码。

AutoDockTools是AutoDock对接的可视化程序，最新版本为MGLTools1.5.6，下载地址为http://mgltools.scripps.edu/downloads。前面的文章和大家分享了Autodock半柔性对接的方法，这篇文章为大家分享一下Autodock柔性对接（蛋白质的部分氨基酸设为柔性，对接的配体为柔性）的方法。

本文没有像之前的半柔性对接教程那样详细，初学者如有看不懂的地方，请查看Autodock半柔性对接中的步骤。

本教程采用蛋白酶1YT9的晶体结构作为分子对接的受体，结构中的配体IOS作为对接的配体分子。

1、从蛋白质数据库中下载晶体结构，用分子查看软件将配体IOS的结构提取出来(pymol，viewerpro，Discovery Studio等软件均可)，并用其他工具进行加氢，电荷，质子化状态确认，最后保存成为lig.pdb作为分子对接的配体结构；

2、将晶体结构1YT9删掉配体IOS和多余的水分子，保存成为protease.pdb，作为分子对接的受体结构；

3、确定需要设定柔性的氨基酸（主要是在结合口袋附近的氨基酸，用很多软件都可以确定），本教程以pymol为例。用pymol打开1yt9.pdb文件，依次点击A——preset——ligand sites——cartoon，可以看到与配体有相互作用的氨基酸，再点击其中氨基酸即可看到该氨基酸的序号，本文采用A链的D25、D30和B链的D25、D30四个氨基酸作为柔性氨基酸。

4、用AutoDockTools打开lig.pdb，点击Ligand——Input——Choose，如下图所示，选择ligand作为AutoDock4对接的分子，点击后，软件会提示结构中有41个非极性氢原子，18个芳香碳原子，18个可旋转建等信息，点击确定即可；

5、选择Output输出为lig.pdbqt文件；

6、打开protease.pdb文件，先Input——Choose Micromolecule，选择protease。再展开左侧的三角形符号，分别选择前面确定的柔性氨基酸（A链的D25、D30和B链的D25、D30），然后点击Flexible Residues——Choose Torsions in Currently Selected Residues，将上面四个氨基酸设为柔性，点击Flexible Residues——Output——Save Flexible PDBQT，另存为protease_flexible.pdbqt，另外Save rigid PDBQT，另存为protease_rigid.pdbqt；

7、选择Grid——Macromolecule——Open，点击选择protease_rigid.pdbqt;

8、设定grid box，输出为protease_rigid.gpf文件,注意在Windows下保存时需要添加后缀名gpf;

9、点击Docking——Macromolecule——Set RigidFilename，选择protease_rigid.pdbqt文件，再选择protease_flexible.pdbqt文件设置为flexible residue filename；最后输出为protease_lig.dpf，可以修改dpf文件中运行对接的次数；

上述步骤参考http://blog.sciencenet.cn/blog-3373966-1090704.html

最后，在Windows的cmd窗口下运行以下命令即可：

1、autogrid4.exe –p protein_ligand.gpf–l protein_ligand.glg

2、autodock4.exe –p protein_ligand.dpf–l protein_ligand.dlg

柔性对接计算量比半柔性对接大很多，因此计算的时间也会长很多。

另外，并不是每个对接计算都适合柔性对接，具体的柔性接需要根据蛋白质的实验数据和晶体结构数据来确定，初学者切忌盲目对接

合理的计算结果建立在合理的软件操作之上

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