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以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正!
First release:2017-12-14 Last update: 2018-03-17
APBS工具是一种可以绘制表面静电势的工具,目前在多个软件中均有APBS的插件,如VMD、PyMOL等,但是笔者都使用过这些工具,发现Chimera软件的APBS工具是最方便的,效果图如下所示,适合于初学者,下面我把用Chimera绘制表面静电势的流程总结如下,希望对学习APBS的初学者有所帮助。
1、下载安装Chimera软件,这是下载地址,笔者用的是1.11.2版本,Windows7平台
2、打开对应的结构,如下图所示,点击Tools——Structure Editing——AddH,为蛋白质结构进行加氢处理,这步也可以通过PDB2PQR网站进行加氢处理
3、为蛋白质结构加电荷,点击Tool——Structure Edit——Add Charge,可以选择应用的蛋白质氨基酸的力场,点击OK即可,
4、进行APBS计算,点击Tool——Surface/Binding Analysis——APBS,设置输出路径以及文件名,点击OK,开始计算,根据体系大小的不同,计算时间不等,该体系在笔记本上计算了约20分钟
5、计算完成之后,会弹出如下的对话框,同时需要点击Actions——Surface——show,显示出surface模式,在图中对话框中的Color Surface中选择MSMS main surface of test,再点击color按钮,即可将计算得到的.dx文件应用到surface;
6、对得到的图进行修饰:点击color后得到的表面静电势图区分可能并不明显,如下图所示,需要手动调节色彩范围,默认的是红色为-10,白色为0,蓝色为+10
点击对话框中的Options,可以选择色彩的个数,本例中选择5个,并手动调节静电势数值对应的颜色,如下图所示,就可以做出漂亮的表面静电势图了。
做完之后别忘记保存哦,点击File——Save Image,选择路径,即可保存漂亮的图片,还可以修改图片长和宽的分辨率(Image width/height)。如果觉得黑色背景不好看,可以手动调整背景为白色,操作步骤为Presets——Add Custom Preset,在category中选择background,再将background color改为白色即可。
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