||
本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome
作者:小丫 来源:嘉因
看过《我研究的miRNA没,没,没了》的小伙伴儿心里发慌:
miRBase 22跟21相比,删掉了52个人类miRNA,新增了156个,13个改名了,21个序列还变了。那我的miRNA-seq数据岂不是要重新分析了?
别急,先搞清楚miRNA-seq分析时用的基因组注释文件跟miRBase相差多大。
最常用的注释文件是Ensembl,扩展阅读:
《同样算read counts,为什么公司跟师兄算的结果不一样?| Ensembl、UCSC、Refseq,该用哪个》
《同样用Ensembl算TPM,结果还是不一样? | Ensembl的注意事项》
先看人
Ensembl最新版本是v91,对比Ensembl 91和miRBase 22,差的有点多。如果用的是ensembl更早的版本,差距可能更大。建议重新分析测序数据。
再看果蝇
其实只是丢了bft,多了mir-263a和mir-997,还好吧!
还想看其他物种吗?留言告诉小丫吧!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
想用ChIP-seq、ATAC-seq研究感兴趣的基因?想整合ChIP-seq、ATAC-seq、eCLIP/RIP-seq、RNA-seq数据寻找线索?找嘉因生物吧!从实验、测序,到多种数据整合分析,为您一站式解决。(点击文中蓝字了解详情)
嘉因公众号定位:客户共性问题解答,生信学习资源导航,高通量实验导购 | 为您提供高通量实验-测序-分析-验证一站式解决方案
电话:021-61539657
Email:marketing@rainbow-genome.com
地址:上海市杨浦区国伟路135号10号楼305室
Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )
GMT+8, 2024-12-27 07:27
Powered by ScienceNet.cn
Copyright © 2007- 中国科学报社