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你的miRNA-seq数据要重新分析吗?

已有 3126 次阅读 2018-3-22 16:01 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦

本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome

作者:小丫    来源:嘉因

看过《我研究的miRNA没,没,没了》的小伙伴儿心里发慌:

miRBase 22跟21相比,删掉了52个人类miRNA,新增了156个,13个改名了,21个序列还变了。那我的miRNA-seq数据岂不是要重新分析了?

别急,先搞清楚miRNA-seq分析时用的基因组注释文件跟miRBase相差多大。

最常用的注释文件是Ensembl,扩展阅读:

同样算read counts,为什么公司跟师兄算的结果不一样?| Ensembl、UCSC、Refseq,该用哪个

同样用Ensembl算TPM,结果还是不一样? | Ensembl的注意事项

Ensembl基因组+注释 | 物种速查 | 动物

Ensembl基因组+注释 | 物种速查 | 植物

 

先看

Ensembl最新版本是v91,对比Ensembl 91和miRBase 22,差的有点多。如果用的是ensembl更早的版本,差距可能更大。建议重新分析测序数据。

 

 

1521705428(1).png

再看果蝇

 

1521705551(1).png

 

其实只是丢了bft,多了mir-263a和mir-997,还好吧!

 

还想看其他物种吗?留言告诉小丫吧!

 

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