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国自然爱明星,拉你的基因进明星通路,一图搞定

已有 3446 次阅读 2018-2-23 10:29 |个人分类:转录调控|系统分类:科普集锦| 转录调控

 

本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome

作者:小丫   来源:嘉因

明星人人爱,我家小汪也想跟明星攀亲戚。


这里有个神图


看到明星通路中的小紫结合在小汪转录起始位点附近,推测小汪被小紫调控,从而参与这个明星通路,顺利带我家小汪进入明星大家庭。





原理

祖宗十八代,谁家没出过名人?只要你能连上线。


他中了国自然,因为最后一周补了这张图》里的图,帮我的小汪FHL3找到好多上游转录因子,有GATA1、NFE2、TAL1等。借助它们,带小汪进入明星通路。


我怎么知道这些转录因子参与哪个明星通路呢?要一个个搜文献吗?有办法。去Enrichr批量查询基因参与的pathway,http://amp.pharm.mssm.edu/Enrichr/


点击第一行的Pathways。一眼扫过去,发现了IL-3、Notch、p73、c-MYB等pathway,妥妥的都是明星。



点击NCI-Nature 2016方块,再点击Clustergram。GATA1参与了Notch、p73、C-MYB通路。


点击PPI Hub Proteins,看到这三个转录因子怎样参与到蛋白质相互作用网络中。




接下来,设计生化实验验证GATA1、NFE2、TAL1对小汪FHL3的调控。妥妥的把我家小汪拉入明星通路大家庭:




神图是怎么画出来的?

哪个蛋白质调控我感兴趣的基因?》一文讲了找上游转录因子的三种策略:

  • Plan A:基于大量ChIP-seq公共数据挖掘

  • Plan B:motif分析预测

  • Plan C:ATAC-seq结合motif分析


ChIP系列带你实现Plan A

  1. 在线实现

    Plan A详细步骤1234 | 哪个转录因子调控我的基因?

  2. 本地实现

    神技能!批量解决哪个转录因子调控你的基因

  3. 小丫帮你实现

    他中了国自然,因为最后一周补了这张图


motif系列答疑帖一步步帮你实现Plan B

  1. 去哪找motif?

    史上最全物种转录因子、motif数据库footprintDB

  2. 这段DNA上有我关心的motif吗?

    点鼠标就能找启动子区的motif | meme-FIMO

  3. motif scan结果怎样看?

    互补链上的motif有意义吗?

  4. motif结果怎样展示到文章里?

    找到了motif,怎样展示结果?






https://blog.sciencenet.cn/blog-3372875-1100830.html

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