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史上最全物种转录因子、motif数据库footprintDB
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本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome
作者：小丫 来源：嘉因
《点鼠标就能找启动子区的motif》，给出了7种从一段DNA上找某个motif的方法。前提是找到这个转录因子的motif文件，如果在JASPAR里查不到，就去footprintDB试试，它可以跟TRANSFAC媲美。
2014年paper原文是这样描述footprintDB和TRANSFAC的：
A survey of the included data sources, organisms and TF families was performed together with proprietary database TRANSFAC, finding that footprintDB has a similar coverage of multicellular organisms, while also containing bacterial regulatory data.
目前footprintDB收录了史上最全物种的转录因子和motif，每月更新。
http://floresta.eead.csic.es/footprintdb
包含8600个转录因子、12700个motif和27300个DNA binding sites。
包括所有物种，还单独列出了后生动物（果蝇、线虫等）和植物；
这么多数据库，统统收录进来。
footprintDB能解决哪些实际科研问题呢？
问题一：找某个转录因子的motif
回到开头的问题，用《点鼠标就能找启动子区的motif》里的方法，从一段DNA上找某个motif，前提是先找到这个转录因子的motif文件。
http://floresta.eead.csic.es/footprintdb/index.php?search_entries
以p53为例检索
搜到21个转录因子和12个motif
12个motif都是人和拟南芥的。转录因子非常保守，即使您感兴趣的物种里没有它的motif，您也可以借用相近物种p53的motif。
蓝字都带链接，点开就是motif信息。下面列出的是一个未被JASPAR收录的motif，只比JASPAR收录的motif少了个JASPAR 2018的链接，需要转换motif格式。点击Download下载TRANSFAC格式的motif，用meme自带的转换工具变成meme格式的motif，然后就可以用《点鼠标就能找启动子区的motif》里的方法三找靶基因了。
问题二：我关心的蛋白质不一定是转录因子，它有可能结合哪个motif
？
INPUT: a protein sequence of a putative DNA-binding protein
OUTPUT: a list of possibly recognized DNA motifs
问题三：这个motif可能被哪些转录因子结合？
INPUT: a DNA consensus motif or site
OUTPUT: a list of DNA-binding proteins (mainly TFs) predicted to bind a similar DNA motif
对后两个问题感兴趣的小伙伴，可自行前往footprintDB尝试。如果需要小丫写帖子讲解，请留言。
史上最全系列：
https://blog.sciencenet.cn/blog-3372875-1096783.html
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