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Ensembl基因组+注释 | 物种速查 | 植物

已有 8860 次阅读 2017-12-20 10:05 |个人分类:物种速查|系统分类:科研笔记

 

本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome

作者:小丫  来源:嘉因

同样算read counts,为什么公司跟师兄算的结果不一样?| Ensembl、UCSC、Refseq,该用哪个一文推荐用ensembl的gene model,哪些已经测序的植物有ensembl基因组注释呢?

列在这里,加上了中文名和汉语拼音,便于小伙伴儿们查找。


Species中文名
Aegilops tauschii节节麦
Amborella trichopoda无油樟
Arabidopsis lyrata琴叶拟南芥
Arabidopsis thaliana拟南芥
Beta vulgaris甜菜
Brachypodium distachyon二穗短柄草
Brassica napus油菜
Brassica oleracea甘蓝
Brassica rapa白菜
Chlamydomonas reinhardtii莱茵衣藻
Chondrus crispus皱波角叉菜
Corchorus capsularis圆果黄麻
Cyanidioschyzon merolae红藻
Galdieria sulphuraria红藻
Glycine max大豆
Hordeum vulgare大麦
Leersia perrieri假稻属
Medicago truncatula蒺藜苜蓿
Musa acuminata小果野蕉
Oryza barthii稻属
Oryza brachyantha花药野生稻
Oryza glaberrima非洲栽培稻
Oryza glumaepatula展颖野生稻
Oryza indica秈稻
Oryza longistaminata长雄野生稻
Oryza meridionalis南方野生稻
Oryza nivara野生稻
Oryza punctata斑点稻
Oryza rufipogon野生稻
Oryza sativa
Ostreococcus lucimarinus鞭毛藻
Physcomitrella patens小立碗藓
Populus trichocarpa杨树
Prunus persica
Selaginella moellendorffii江南卷柏
Setaria italica小米
Solanum lycopersicum番茄
Solanum tuberosum马铃薯
Sorghum bicolor高粱
Theobroma cacao可可树
Trifolium pratense红三叶草
Triticum aestivum小麦
Triticum urartu乌拉尔图小麦
Vitis vinifera葡萄
Zea mays玉米

用ensembl基因组的理由:

同样用Ensembl算TPM,结果还是不一样? | Ensembl的注意事项




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