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作者：小丫  来源：嘉因

这次小丫汇总了各物种的ATAC-seq数据，水里的有海胆、斑马鱼、文昌鱼、青鱂鱼。做了哪些数据？发表了哪些文章？

斑马鱼有25套ATAC-seq数据，出自10项研究。貌似ATAC-seq + RNA-seq成了标配。

No. 1. 2015年发表于PNAS。

Deep conservation of wrist and digit enhancers in fish. Proc Natl Acad Sci U S A 2015 Jan 20;112(3):803-8. PMID: 25535365

GSE61065，2套斑马鱼的ATAC-seq + 1套小鼠的ATAC-seq

No. 2. 2016年1月发表于Science。

A zebrafish melanoma model reveals emergence of neural crest identity during melanoma initiation. Science 2016 Jan 29;351(6272):aad2197. PMID: 26823433

GSE75356，2套ATAC-seq + 46套ChIP-seq和microarray

No. 3. 发表于2016年4月的Nature Genetics。

Active DNA demethylation at enhancers during the vertebrate phylotypic period. Nat Genet2016 Apr;48(4):417-26. PMID: 26928226

GSE68087，4套ATAC-seq + 26套RNA-seq和DNA甲基化数据

No. 4. 今年4月发表于Cell Reports，影响因子：8.282。

Biotagging of Specific Cell Populations in Zebrafish Reveals Gene Regulatory Logic Encoded in the Nuclear Transcriptome. Cell Rep 2017 Apr 11;19(2):425-440. PMID: 28402863

GSE89670，2套ATAC-seq + 16套RNA-seq

No. 5. 今年7月发表于Cell Reports，影响因子：8.282。

Robust Identification of Developmentally Active Endothelial Enhancers in Zebrafish Using FANS-Assisted ATAC-Seq. Cell Rep 2017 Jul 18;20(3):709-720. PMID: 28723572

GSE97257，6套ATAC-seq + 4套RNA-seq

No. 6. 今年8月发表于eLife，影响因子：7.725。

A chemical screen in zebrafish embryonic cells establishes that Akt activation is required for neural crest development. elife. 2017 Aug 23; 6

F1000两颗星推荐

GSE95815，4套ATAC-seq + 2套RNA-seq

No. 7. GSE74617，有1套ATAC-seq和Input，还有组蛋白修饰的ChIP-seq，4C-seq，2015年就提交了，上个月更新了一次，文章还没发表。

No. 8. SRP108989，4套ATAC-seq + 6套RNA-seq，今年6月由BRFAA提交到SRA，未发表文章，血管内皮，做造血相关研究。

文昌鱼，1套数据，2016年发表于Nature Genetics。

A single three-dimensional chromatin compartment in amphioxus indicates a stepwise evolution of vertebrate Hox bimodal regulation. Nat Genet 2016 Mar;48(3):336-41. PMID: 26829752

GSE68737，文昌鱼的1套ATAC-seq + 73套文昌鱼和斑马鱼的4C-seq

青鱂鱼，SRX3166081，1套ATAC-seq + RNA-seq + DNase I-seq，2015年提交到SRA，未发表。

海胆的21套ATAC-seq都出自这一项研究：GSE95651

7个时间点，各3次生物学重复

18 hour post fertilization (hpf), 24hpf, 30hpf, 39hpf, 50hpf, 60hpf, 70hpf

今年3月提交到GEO，相应的文章还没发表。

作者Kudtarkar P和Robert Andrew Cameron于今年1月发表了一个棘皮动物的数据库：http://www.echinobase.org

总结，水生生物的发展空间很大啊！