ChengyangWang的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/ChengyangWang

博文

秋天来了,苹果熟了 | fruitENCODE、C3C4数据查询

已有 3460 次阅读 2017-12-19 12:13 |个人分类:ENCODE|系统分类:科普集锦| fruitENCODE、C3C4

 

本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome

作者:小丫  来源:嘉因

看到题目,好激动!!!同时好自责,对植物缺乏关心,2014年的文章就做了植物的ENCODE,我居然才发现,更别提跟大家分享了!


等等!!


原来是场误会,还没做,只是讨论做植物ENCODE的必要性。要不要来场全民公投?!


回到原文,看植物学家的愿景:


DNA甲基化、组蛋白修饰、开放染色质、染色质高级结构统统都要看;ChIP-seq、DNase-seq、FAIRE-seq、ATAC-seq、Hi-C-seq、ChIA-PET-seq、MNase-seq、MethylC-seq、RNA-seq统统来一轮。多个物种做比较表观遗传组分析。

总结


1. 目前的主要矛盾是:“有限的植物测序数据无法满足广大植物生物信息学家发paper的美好需要!”


2. 现在是广大植物实验学家灌大paper的大好时机!






上面是2014年的美好愿望!美国植物人的这个愿望实现了吗?


至少目前还未见报道!


看中国人的!!!


fruitENCODE



fruitENCODE:水果成熟的ENCODE,包括番茄、哈密瓜、香蕉、黄瓜、葡萄、苹果、木瓜、桃子、草莓、西瓜、梨。这是一个充满水果香味儿的实验室。


扩展阅读:在家提DNA | 草莓或南瓜,拉口袋或料理机 + 盐 + 洗洁精 + 酒精 + 滤纸或筛网


http://www.epigenome.cuhk.edu.hk/encode.html


怎么用fruitENCODE


在线查询单个基因的RNA-seq数据,或在genome browser里查看表观基因组数据。


  1. 搜索单个基因的RNA-seq结果



2. 在线查看表观基因组数据,包括DNA甲基化、开放染色质、组蛋白修饰和转录因子ChIP-seq数据。

出自香港中文大学的Zhong Lab。


还记得上期《新!加这个实验给你的paper加5分 | 植物ATAC-seq文章和数据都在这里》里的植物ATAC-seq文章No.6吗?没错,出自同一家。那13套ATAC-seq数据只是他们C3C4 project data中的一部分。




怎么用C3C4


以拟南芥为例,在线选择查看某个基因的ATAC-seq、ChIP-seq的信号


还能把bw文件下载到本地

Zhong lab今年online了三个大项目,除了fruitENCODE和C3C4外,还有个Hi-C项目,目前只提供数据下载。

多个物种,多个层面,可以说是个小规模的pENCODE吧!




ChIP-seq、ATAC-seq实验服务相关技术贴:






ENCODE相关视频:





https://blog.sciencenet.cn/blog-3372875-1090482.html

上一篇:人、果蝇、线虫转录因子ChIP-seq数据整合分析ncRNA【视频】
下一篇:做过ChIP-seq或ATAC-seq的物种速查
收藏 IP: 124.77.56.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-3-29 06:47

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部