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作者:小丫 来源:嘉因
看到题目,好激动!!!同时好自责,对植物缺乏关心,2014年的文章就做了植物的ENCODE,我居然才发现,更别提跟大家分享了!
等等!!
原来是场误会,还没做,只是讨论做植物ENCODE的必要性。要不要来场全民公投?!
回到原文,看植物学家的愿景:
DNA甲基化、组蛋白修饰、开放染色质、染色质高级结构统统都要看;ChIP-seq、DNase-seq、FAIRE-seq、ATAC-seq、Hi-C-seq、ChIA-PET-seq、MNase-seq、MethylC-seq、RNA-seq统统来一轮。多个物种做比较表观遗传组分析。
总结
1. 目前的主要矛盾是:“有限的植物测序数据无法满足广大植物生物信息学家发paper的美好需要!”
2. 现在是广大植物实验学家灌大paper的大好时机!
上面是2014年的美好愿望!美国植物人的这个愿望实现了吗?
至少目前还未见报道!
看中国人的!!!
fruitENCODE:水果成熟的ENCODE,包括番茄、哈密瓜、香蕉、黄瓜、葡萄、苹果、木瓜、桃子、草莓、西瓜、梨。这是一个充满水果香味儿的实验室。
扩展阅读:在家提DNA | 草莓或南瓜,拉口袋或料理机 + 盐 + 洗洁精 + 酒精 + 滤纸或筛网
http://www.epigenome.cuhk.edu.hk/encode.html
在线查询单个基因的RNA-seq数据,或在genome browser里查看表观基因组数据。
搜索单个基因的RNA-seq结果
2. 在线查看表观基因组数据,包括DNA甲基化、开放染色质、组蛋白修饰和转录因子ChIP-seq数据。
出自香港中文大学的Zhong Lab。
还记得上期《新!加这个实验给你的paper加5分 | 植物ATAC-seq文章和数据都在这里》里的植物ATAC-seq文章No.6吗?没错,出自同一家。那13套ATAC-seq数据只是他们C3C4 project data中的一部分。
以拟南芥为例,在线选择查看某个基因的ATAC-seq、ChIP-seq的信号
还能把bw文件下载到本地
Zhong lab今年online了三个大项目,除了fruitENCODE和C3C4外,还有个Hi-C项目,目前只提供数据下载。
多个物种,多个层面,可以说是个小规模的pENCODE吧!
ChIP-seq、ATAC-seq实验服务相关技术贴:
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