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作者：小丫  来源：嘉因

看到题目，好激动！！！同时好自责，对植物缺乏关心，2014年的文章就做了植物的ENCODE，我居然才发现，更别提跟大家分享了！

等等！！

原来是场误会，还没做，只是讨论做植物ENCODE的必要性。要不要来场全民公投？！

回到原文，看植物学家的愿景：

DNA甲基化、组蛋白修饰、开放染色质、染色质高级结构统统都要看；ChIP-seq、DNase-seq、FAIRE-seq、ATAC-seq、Hi-C-seq、ChIA-PET-seq、MNase-seq、MethylC-seq、RNA-seq统统来一轮。多个物种做比较表观遗传组分析。

总结

1. 目前的主要矛盾是：“有限的植物测序数据无法满足广大植物生物信息学家发paper的美好需要！”

2. 现在是广大植物实验学家灌大paper的大好时机！

上面是2014年的美好愿望！美国植物人的这个愿望实现了吗？

至少目前还未见报道！

看中国人的！！！

fruitENCODE：水果成熟的ENCODE，包括番茄、哈密瓜、香蕉、黄瓜、葡萄、苹果、木瓜、桃子、草莓、西瓜、梨。这是一个充满水果香味儿的实验室。

扩展阅读：在家提DNA | 草莓或南瓜，拉口袋或料理机 + 盐 + 洗洁精 + 酒精 + 滤纸或筛网

http://www.epigenome.cuhk.edu.hk/encode.html

在线查询单个基因的RNA-seq数据，或在genome browser里查看表观基因组数据。

1. 搜索单个基因的RNA-seq结果

2. 在线查看表观基因组数据，包括DNA甲基化、开放染色质、组蛋白修饰和转录因子ChIP-seq数据。

出自香港中文大学的Zhong Lab。

还记得上期《新！加这个实验给你的paper加5分 | 植物ATAC-seq文章和数据都在这里》里的植物ATAC-seq文章No.6吗？没错，出自同一家。那13套ATAC-seq数据只是他们C3C4 project data中的一部分。

以拟南芥为例，在线选择查看某个基因的ATAC-seq、ChIP-seq的信号

还能把bw文件下载到本地

Zhong lab今年online了三个大项目，除了fruitENCODE和C3C4外，还有个Hi-C项目，目前只提供数据下载。

多个物种，多个层面，可以说是个小规模的pENCODE吧！

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