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作者：小丫  来源：嘉因

果蝇、线虫作为模式生物自有它的优点，基因组小，遗传操作方便，能in vivo研究分子功能和调控机制。2017年诺奖再次花落果蝇家。

第四届中国果蝇生物学大会将于2017年10月20日-22日在复旦大学江湾校区举行，国内搞果蝇的小伙伴儿都去参加，没有注册费，还有免费午餐！点击左下角”阅读原文“查看大会详情。

果蝇基因组小，基因组研究得清楚，因此，发明新的高通量实验技术往往先用果蝇试水，又省钱又好分析！然后再做哺乳动物。

ENCODE项目实施的同时，还开展了模式动物的平行项目modERN和modENCODE：

modERN: The model organism encyclopedia of regulatory networks (modERN) project focuses on identification of additional transcription factor binding sites in C. elegans and Drosophila. The goal of the project is to comprehensively map the binding sites for as many factors as possible. This project is ongoing.

modENCODE: The modENCODE consortium identified various elements in the genomes of C. elegans and Drosophila, including transcriptomes, transcription factor binding sites, histone-modifications and the occupancy of histone variants and histone modifying-factors. The consortium completed this work in 2012.

目前modERN有775套数据，ongoing。

modERN包括果蝇和线虫的ChIP-seq数据。果蝇496套ChIP-seq数据全部由Kevin White组产生。ChIP样品和control各248个。包括240个TF，5个发育时期。

这些TF都是加了eGFP标签做的ChIP实验。如果想研究的调控蛋白没有好用的ChIP抗体，可以考虑加标签表达融合蛋白，然后用标签的抗体做ChIP。常见于果蝇、植物等抗体稀少的物种。点击链接查看抗体查询方法：

• 搜抗体，哪家强？| 人工智能帮你找抗体，BenchSci，实时显示引文Figure

modERN和modENCODE数据的查询和下载方法与ENCODE相同，点击链接查看详细方法：

• 哪个蛋白质调控我感兴趣的基因？怎样筛选？基于分析或实验的可行方案V2.1

• 表观遗传系列视频17 | Penn State 岳峰：ENCODE & Roadmap workshop（附PPT）
  

Comparative Analysis of Non Coding Transcription using ENCODE and modENCODE data - Joel Rozowsky

报告人Joel Rozowsky的google scholar主页

Joel Rozowsky是Mark Gerstein的postdoc