SimpleViewer 一个简单实用的结构化学对称性教学软件

我们基于QGLViewer，用C++（QT）打造的SimpleViewer软件，可以识别分子的对称性，显示对称元素。本软件可运行在Windows，Linux平台。

根据输入的分子，可自动识别对称性。

可以显示所有对称元素。

简单的使用说明。

Simple Viewer:

1. 关于文件的打开：
   尽管主界面上有一个打开文件的按钮，但其实我主要是通过copy和paste来操作：一般是将文件在一个合适的文本编辑器中打开，或直接从终端上copy来，在simpleview的主viewer上ctrl+v就可以直接paste到软件中了。但对于PDB文件，请用openfile打开。对于编辑好的文件，如果你只需要xyz格式的文件，则直接ctrl+c就可以了。如果需要Vasp格式的文件，请点击主窗口上相应的按钮。你也可以通过拖拽文件到主窗口来打开文件。
   可以用ctrl+v直接拷入主viewer的格式包括：
   (1) gaussian archive;(必须以1\1\打头或1|1|，可以不完整，但需要包括所有的坐标部分)
   (2) atomname(or atomnumber) x y z （最普通的XYZ格式）
   (3) atomname 0 x y z （gaussian文件中可能遇到的格式）
   (4) Index atomname 0 x y z （gaussian输出文件中的一种格式）（以上格式中，空格也可以是逗号。）
   (5) vasp POSCAR 和CONTCAR.

2. 对于对称性操作，一般只需要拷入结构，按findgroup, refinegroup即可。需要显示对称元素时，按p键。其它有用的键包括：
   (1) l: toggle for draw lables
   (2) a: toggle for draw axix
   (3) p: toggle for draw Pointgroup
   (4) h: toggle for draw H-mirrors
   (5) v: toggle for draw V-mirrors
   (6) d: toggle for draw D-mirrors(但对于H,V, D对称面的分别，本软件不是很好，你只需要都试试就可以了）
   (7) Num key: toggle for draw C2, C3, C4 …. axis

3. 其它常用操作说明
   (1) 对于经常作Vasp的同学，open一个PDB文件，点击Open File,选PDB。
   (2) 如果你是建立一个团簇或分子的超胞，请点击Setlattice，设置晶胞，晶胞的原点就在坐标的原点。我一般将拷入的分子或团簇移到晶胞的中心处，再点击Get POSCAR。
   (3) 对于计算表面的同学，你可以很方便的用右键菜单设置需要固定的原子。
   (4) 在主viewer窗口中，如果要选择某一个原子，请按住Shift键，点这个原子。如果有要选择多个原子时，按住Shift键，按住鼠标左键圈住被选原子。
   (5) 在主viewer窗口中，按住Ctrl键的同时，鼠标左键可以用来转动被选原子，右键用来平移被选原子。
   (6) 如果只选中两个原子，按空格键时，会在状态条显示它们的距离及中心位置，选中三个原子时，会显示键角及中心，选中四个原子时，会显示二面角及中心。选中更多原子时，会显示中心位置。这个时候如果按Insert键，默认会在这个中心位置处插入一个原子。
   (7) 用OpenFile打开一个cif文件或pdb文件，直接点击工具栏上的CreateSurface，可以建立表面模型。再利用右键中的Incremental Paste可以将其它分子拷贝到表面上。

4. 其它几个常用的键
   (1) c: 抓取图像到剪贴板。
   (2) insert键：打开一个窗口，用来插入一个原子。
   (3) m：如果有被选择的原子，则弹出一个窗口，可以替换被选择的原子。
   (4) Del键：除掉被选原子。

5. 右键菜单
   右键菜单中的名称基本说明了它们的功能。其中Store Select Atom Index to Clipboard主要是配合CP2K使用，用来指出需要固定的原子时用的。Incremental Paste主要是将新拷贝的结构加入到已有的结构，如果直接用Ctrl+V，就会清除掉原来的结构。

6. 软件可能存在很多bug，如果你发现了，可将具体情况发送到jiajf@dns.sxnu.edu.cn，我会尽量修改。如果你需要一些更方便的操作，并且你确信这些操作别人也需要，并且……，请你将想法也发送到如上信箱，我在有时间的时候会慢慢增加。

7. 祝好！
   8.已知的bug:
   (1) 对于vasp POSCAR 和 CONTCAR, 如果第一行（体系的名称）是4,5,6个分立的单词，则程序会误判为其它格式，从而导致不能正确读如数据。此时，请选择拷贝时，第一行只拷贝1个单词。

软件下载网址：

链接：https://kdocs.cn/l/ckzOzbiYtsoi