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Mass Decomposition

已有 3006 次阅读 2010-2-7 14:02 |个人分类:质谱|系统分类:科普集锦| Decomposition

很多高分辨质谱自带的软件都提供一项功能,即输入质核比或分子量,得到可能的分子式(mass decomposition)。这个问题说起来简单,但是其实不然,这个问题属于coin exchange problem。一般都要用到动态规划来解决。Sebastian Böcker与Zsuzsanna Lipták在2005年的Proceedings of the 2005 ACM symposium on Applied computing上发了一篇论文,讨论这个问题并提出了一个新的算法。可惜我是计算机门外汉,看不懂。2009年,他们将这个算法实现后,做成一个软件,并发表在bioinformatics上。

Ionspec公司的FTICR提供有类似功能的软件,但是明显是用VB并采用多重循环的方法做的,效率奇低,速度奇慢。相比之下,Xcalibur
2.0就要好很多,不清楚它的算法,但是速度很快,一般情况下,一秒钟只能就能算出来。





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