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VASP & phono3py 计算流程

已有 11363 次阅读 2017-8-14 13:19 |个人分类:Phonopy&Phono3py|系统分类:科研笔记

1. 创造POSCARs超胞

%phono3py  --cutoff_pair=6 -d --dim="2 2 2" -c POSCAR-unitcell

文件夹下生成了disp_fc3.yamlPOSCAR-xxxxx文件,其中POSCAR-xxxxxvasp的输入文件,用来计算原子间力。

(如果想用更大的超胞算二阶力常数fc2,用较小的超胞算三阶作用力fc3,可以使用命令:%phono3py -d --dim_fc2="4 4 4" --dim="2 22" -c POSCAR-unitcell,此时文件夹下生成了disp_fc2.yamldisp_fc3.yamlPOSCAR-xxxxxPOSCAR_FC2-xxxxx

2. 运行vasp计算力常数

#!/bin/sh

for i in {00001..01260}

do

mkdir $i

      cp POSCAR-$i $i/POSCAR

      cp INCAR KPOINTS POTCAR $i

      cd $i

mpirun vasp>log

cd ../

done

假设有01260POSCAR,即POSCAR-01260,此时二阶力常数和三阶力常数用的是一样的超胞。如果超胞不一样,计算流程是一样。

3. 收集vasprun.xml

%phono3py --cf3 */vasprun.xml

(当三阶力常数和二阶力常数选用的超胞不一样的时候,可以使用以下命令:%phono3py--cf2 disp_fc2-{00001..00002}/vasprun.xml% phono3py --cf3 disp_fc3-{00003..00004}/vasprun.xml)

4. 产生fc2.hdffc3.hdf数据

%phono3py --dim="2 2 2" -c POSCAR-unitcell

(当三阶力常数和二阶力常数选用的超胞不一样的时候,可以使用以下命令:%phono3py--dim_fc2="4 4 4" --dim="2 2 2" -c POSCAR-unitcell)

5. 热导率的计算

%phono3py  --fc3  --fc2  --dim="2 2 2"  --mesh="11 11 11"   -c POSCAR-unitcell   --br

(%phono3py --fc3 --fc2 --dim_fc2="4 4 4"--dim="2 2 2" --mesh="11 11 11" -c POSCAR-unitcell --br)

(--thm,四面体方法积分布里渊区求声子时间;--sigma,展宽;--wgp,每个点的声子时间)



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