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QIIME 2教程. 25可用和开发中插件AvailableFuturePlugins(2020.11)

已有 584 次阅读 2021-2-4 22:54 |个人分类:QIIME2|系统分类:科研笔记

可用插件

Available plugins

https://docs.qiime2.org/2020.11/plugins/available/

用户可以通过插件使用QIIME 2微生物组分析功能。 QIIME 2的当前最新版(2020.11)包含以下官方插件:

alignment对齐:用于生成和处理序列对齐

composition:用于组成型分数据分析

cutadapt:用于从序列数据中除去接头,引物和其他不需要的序列

dada2:用于使用DADA2进行序列质量控制

deblur:使用Deblur进行序列质量控制

diversity:探索群落多样性的插件

emperor:排序绘图

feature-classifier:序列物种分类

fragment-insertion:用于扩展系统发育

gneiss:用于构建成分模型的插件

longitudinal:用于配对样本和时间序列分析的插件

metadata:处理元数据

phylogeny:生成和处理系统发育

quality-control:用于特征和序列数据质量控制

quality-filter:用于基于PHRED的过滤和修整的插件

样本分类器:用于对样本元数据进行机器学习预测的插件

类型:用于微生物组分析的插件定义类型

vsearch:用于通过vsearch进行聚类和去冗余的插件

正在或计划开发的插件

https://docs.qiime2.org/2020.11/plugins/future/

QIIME 2论坛(https://forum.qiime2.org/)中讨论了计划用于将来版本的插件和非核心插件。 如果您对QIIME 2方法,操作,管道或插件的可用性有疑问,请在此处发表您的问题。 如果您使用的插件不属于QIIME 2核心发行版,但您想通知QIIME 2用户,则应在论坛的“Community Plugins 社区插件(https://forum.qiime2.org/c/community-plugins)”类别中发布主题。

译者简介

刘永鑫,博士,中科院青促会会员,QIIME 2项目参与人。2008年毕业于东北农业大学微生物学专业,2014年于中国科学院大学获生物信息学博士,2016年遗传学博士后出站留所工作,任工程师。目前主要研究方向为宏基因组数据分析。目前在Science、Nature Biotechnology、Protein & Cell、Current Opinion in Microbiology等杂志发表论文30余篇,被引2千余次。2017年7月创办“宏基因组”公众号,目前分享宏基因组、扩增子原创文章2400余篇,代表作有《扩增子图表解读、分析流程和统计绘图三部曲(21篇)》《微生物组实验手册》《微生物组数据分析》等,关注人数11万+,累计阅读2100万+。

Reference

https://docs.qiime2.org/2020.11/

Evan Bolyen, Jai Ram Rideout, Matthew R. Dillon, Nicholas A. Bokulich, Christian C. Abnet, Gabriel A. Al-Ghalith, Harriet Alexander, Eric J. Alm, Manimozhiyan Arumugam, Francesco Asnicar, Yang Bai, Jordan E. Bisanz, Kyle Bittinger, Asker Brejnrod, Colin J. Brislawn, C. Titus Brown, Benjamin J. Callahan, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, John Chase, Emily K. Cope, Ricardo Da Silva, Christian Diener, Pieter C. Dorrestein, Gavin M. Douglas, Daniel M. Durall, Claire Duvallet, Christian F. Edwardson, Madeleine Ernst, Mehrbod Estaki, Jennifer Fouquier, Julia M. Gauglitz, Sean M. Gibbons, Deanna L. Gibson, Antonio Gonzalez, Kestrel Gorlick, Jiarong Guo, Benjamin Hillmann, Susan Holmes, Hannes Holste, Curtis Huttenhower, Gavin A. Huttley, Stefan Janssen, Alan K. Jarmusch, Lingjing Jiang, Benjamin D. Kaehler, Kyo Bin Kang, Christopher R. Keefe, Paul Keim, Scott T. Kelley, Dan Knights, Irina Koester, Tomasz Kosciolek, Jorden Kreps, Morgan G. I. Langille, Joslynn Lee, Ruth Ley, Yong-Xin Liu, Erikka Loftfield, Catherine Lozupone, Massoud Maher, Clarisse Marotz, Bryan D. Martin, Daniel McDonald, Lauren J. McIver, Alexey V. Melnik, Jessica L. Metcalf, Sydney C. Morgan, Jamie T. Morton, Ahmad Turan Naimey, Jose A. Navas-Molina, Louis Felix Nothias, Stephanie B. Orchanian, Talima Pearson, Samuel L. Peoples, Daniel Petras, Mary Lai Preuss, Elmar Pruesse, Lasse Buur Rasmussen, Adam Rivers, Michael S. Robeson, Patrick Rosenthal, Nicola Segata, Michael Shaffer, Arron Shiffer, Rashmi Sinha, Se Jin Song, John R. Spear, Austin D. Swafford, Luke R. Thompson, Pedro J. Torres, Pauline Trinh, Anupriya Tripathi, Peter J. Turnbaugh, Sabah Ul-Hasan, Justin J. J. van der Hooft, Fernando Vargas, Yoshiki Vázquez-Baeza, Emily Vogtmann, Max von Hippel, William Walters, Yunhu Wan, Mingxun Wang, Jonathan Warren, Kyle C. Weber, Charles H. D. Williamson, Amy D. Willis, Zhenjiang Zech Xu, Jesse R. Zaneveld, Yilong Zhang, Qiyun Zhu, Rob Knight & J. Gregory Caporaso#. Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2. Nature Biotechnology. 2019, 37: 852-857. doi:10.1038/s41587-019-0209-9



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