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植物微生物组文章目录(2020.01)
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本文“植物微生物组”公众号原创，ID: plantmicrobiome
作者：植物微生物组
原文链接：植物微生物组公众号
植物微生物组文章目录
组内文章
- 2019年1篇Science,2篇NBT,2篇MP,1篇PNAS等11篇文章
- COM：重组菌群体系在根系微生物组研究中应用
- PNAS：植物香豆素塑造拟南芥合成根系微生物组的组成
- Plant Com: 定量检测宿主微生物组的HA-QAP技术
- 遗传：微生物组数据分析方法与应用
- Nature Biotechnology：QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台
- Nature Biotechnology：籼粳稻根系微生物组与氮肥利用效率关系
- Science：拟南芥根系三萜化合物塑造特异的微生物组
- SCLS：拟南芥二半萜类化合物调控根系微生物组
- Molecular Plant：微生物跨界平衡维持植物健康
- 中国科学：玉米可利用气生根进行高效生物固氮
- Microbiome：根系分泌物驱动土壤记忆抵御植物病原菌
- SCLS：中科院遗传发育所揭示水稻全生育期根系微生物组的变化规律
- Nature Methods: 史上最权威宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
- Giga Sciences: 植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析
- 中科院院刊：中国微生物组计划—农作物微生物组综述 导读版 完整版
- Annu. Rev. Genet：植物微生物组综述—系统性见解与展望
- Nature：植物微生物组功能研究 评论 导读 技术解读 1培养组学 2细菌基因组测序 3人工重组微生物群落
- Plant J：细菌挥发性物质和光合信号激活低铁响应途径
Current Opinion植物微生物组专题
- 下一代微生物组技术在作物生产中的应用——局限性以及基于知识的解决方案的需求
- 求助根系分泌物：受胁迫植物从土壤中招募益生菌的适应性机制
- 养分平衡在塑造植物根-真菌互作中的作用：事实与猜想
- 追踪植物-微生物组互作的进化历史
- 病原体之外-微生物组与植物免疫系统的相互作用
- 微生物促进植物的氮获得
- 细菌-真菌的平衡维持动植物健康
组会文献
- Science：致病菌激活根系内生微生物组抵抗病害的功能
- PNAS：微生物组互作塑造宿主适应度
- Microbiome：根际微生物影响植物开花时间
- PNAS：简化且具有代表性的玉米根系细菌群落
- NBT：根际微生物组结构改变使番茄具有抗青枯病性
- ISME：菌根真菌菌丝分泌物中的果糖作为信号激发解磷细菌活化植酸
- Nature：肠道细菌能够调节果蝇运动行为
- PNAS-2018-玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物
- Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控上 中 下
- PBio-2018：如何设计可预测植物表型的微生物组
- PNAS-2018-病原菌在植物免疫下的转录组
- PNAS-2018-根系分泌物香豆素调控微生物群落结构并促进植物健康
- 水稻微生物组 PNAS 2015
- Nature：人类肠道微生物组的肠型
- Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
- Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压
- Microbiome：HiSeq平台16S扩增子方法
文献精读
- Cell Host & Microbe：解析植物微生物中的细菌基因功能
- Trends in Plant Science: 原生动物：根际微生物的幕后操控者
- Cell: 生物网络的新一代机器学习
- Cell ：根部微生物跨界的互作促进拟南芥生存
- 微生物组数据系统发育分析的方法
- FEMS Microbiology Reviews:如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪上 中 下
- PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌
- Nature综述：人类微生物培养以及培养组学
- Nature：全球表层土微生物组群落结构和功能
- 微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落
- Briefings in Bioinformatics：微生物基因组学和功能基因组学相关软件和数据库的研究进展
- Microbiome：微生物组名词定义
系列教程
统计
- R语言数据处理和变换——dplyr（1）
- 生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences
- R统计简介
- 零假设和概率分布Null Hypothesis and Probability Distribution
- 群体、样本、估计和统计功效Populations, Samples, Estimates and Power
- 中心极限定理和t分布Central Limit Theorem and t-distribution
- 置信区间和效应大小Confidence Intervals and Effect Size
- 功效计算Power calculation
- 如何通过一个沙雕操作让R每次启动都提示报错
绘图
- GraphPad Prism —— 简单又好用的生物数据统计绘图软件
- AI科研绘图（一）：零基础入门和基本图形绘制
- AI科研绘图（二）：模式图的基本画法
- AI科研绘图（三）：排版
- 使用ggpubr包添加p值和显著性标记
- 玉米的一生——矢量图收藏贴
宏基因组
- 宏基因组入门理论以及分析环境的部署
- KneadData质控宏基因组数据
- HUMAnN2 - 宏基因组代谢通路分析
- Megahit宏基因组测序数据的拼接
- 基因注释Prokka、Prodigal
- 非冗余基因集构建——cd-hit对注释的基因进行聚类
- Salmon进行基因组定量
文章泛读
- Microbiome：描述随微生物群落时间序列中的生态过程
- Microbiome：利用微生物标记对人体部位相关研究中的混杂和纯净样品进行准确分类
- Microbiome：CAMISIM模拟宏基因组和微生物群落数据
- NC：全球柑橘根际微生物组的结构和功能
- Microbiome：重新定义“卫生”的概念
- Microbiome：微生物组研究中优化方法和规避误区
- Microbiome：宏蛋白质组揭示健康人肠道菌群功能
- Cell：大肠癌耐化疗药，细菌是帮凶
- Nature：FimH拮抗物选择性抑制尿路致病性大肠杆菌
- Comment：研究微生物，只靠多组学根本不够
- 1003个微生物基因组数据发布
- Science：王二涛组发现植物-真菌互作新机制
- Gut-2018-早期肝癌肠道生物标志物鉴定
- 中国微生物组计划-香山科学会议
工作效率
大家风采
实验分析
组内新闻
- 2018年全国“遗传·发育”研究生学术论坛
- 18年新年晚会节目成功卫冕 & 全所科普微生物改变世界
- 17年11月活动：宏基因组技术专题、乒乓球赛、趣味运动会和健步走
- 博后王鑫在奥森10km计时赛成绩位列Q1
- 新人欢迎贴(2)：向杰平,陈永森,赵学博,刘子轩
- 植物微生组33天受邀原创-诚邀同行分享经验
- 新人欢迎贴(1)：王超博士、秦媛硕士
- 植物微生物组公众号成立
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