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《R语言统计分析微生物组数据》
Statistical Analysis of Microbiome Data with R
京东上原版图书售价1143元
https://item.jd.com/35082777085.html
https://link.springer.com/book/10.1007/978-981-13-1534-3
出版日期:2018年10月7日
本书简介
这本独特的书解决了使用R语言的微生物组数据的统计建模和分析中的困难。它包括作者研究和公共领域的真实数据,并对R的实现进行了逐步的讨论。数据和R计算机程序是公开的,允许读者复制每一章介绍的模型开发和数据分析,以便这些新方法可以很容易地应用到自己的研究中。
本书还讨论了微生物组研究中统计建模和数据分析的最新进展,以及新一代测序技术的最新进展,以及方法学发展和应用中的大数据。这本及时的书将大大有利于所有读者参与微生物群,生态学和微阵列数据分析,以及其他领域的研究。
作者简介
Yinglin Xia1,
Jun Sun2,
Ding-Geng Chen3
- 伊利诺伊大学芝加哥分校,医学部(Department of Medicine, University of Illinois at Chicago, Chicago, USA)
- 伊利诺伊大学芝加哥分校,医学部(Department of Medicine, University of Illinois at Chicago, Chicago, USA)
- 北卡罗来纳大学教堂山分校,社会工作学院(School of Social Work, University of North Carolina, Chapel Hill, USA)
章节简介
- 微生物组数据的生物信息分析 Bioinformatic Analysis of Microbiome data
- 微生物组研究简介
- 系统发育学简介
- 16S rRNA基因测序方法
- 宏基因组测序方法
- 生信数据分析工具
- 总结
- 微生物线数据是什么?What Are Microbiome Data?
- 微生物组数据
- 微生物组数据结构
- 微生物组数据特征
- 微生物组数据过度松散和零膨胀的例子
- 微生物组数据模型的挑战
- 总结
- 微生物组数据统计分析简介 Introductory Overview of Statistical Analysis of Microbiome Data
- 人类微生物组数据研究的主题和统计假设
- 微生物组研究的经典统计方法和模型
- 新发展的多元变量统计方法
- 微生物组数据的组成型分析
- 微生物群研究中的纵向数据分析与因果推理
- 统计包简介
- 现存统计方法的局限性和将来的发展方向
- R、Rstudio和ggplot2简介
- R和Rstudio简介
- dplyr包简介
- ggplot2简介
- 总结
- 微生物组数据功效和样本量计算
- 假设检验和功效分析
- 多样性差异使用T检验功效分析
- ANOVA比较多组
- 比较组间的分类单元
- 用Dirichlet多项式模型比较不同类群的频率
- 群体多样性计算和测量 Community Diversity Measures and Calculations
- Vdr−/−小鼠数据集
- 群体多样性介绍
- Alpha多样性测量与计算
- Beta多样性测量与计算
- 微生物组数据的探索性分析
- 小鼠和人类的数据集
- 探索性分析与图形总结
- 聚类
- 排序
- 总结与讨论
- 单变量群体分析
- 两组多样性比较
- 两组多类学比较
- ANOVA比较多组
- Kruskal-Wallis检验比较两组以上
- 多变量群体分析
- 使用PERMANOVA多组假设检验
- MANTEL检验多组假设检验
- 假设检验多组差异
- MRPP假设
- GUniFrac包比较微生物组
- 微生物组的组成分析
- 组成型分析简介
- 为什么微生物组数据当作组成型对待
- 探索组成型数据分析
- ALDEx2包组间比较
- 比例:相对数据的相关分析
- 总结和讨论
- 分散微生物组数据的建模
- Count型微生物组数据的差异丰度分析
- edgeR中的NB模型
- edgeR包
- DESeq和DESeq2中的NB模型
- DESeq和DESeq2包
- DESeq和DESeq2
- 零膨胀微生物组数据建模
- 简介
- 零膨胀模型:ZIP和ZINB
- 零栏模型:ZHP和ZHNB
- 具有随机效应的零膨胀Beta回归模型
- 总结和讨论
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