[TOC]

本文“植物微生物组”公众号原创，ID: plantmicrobiome

作者：植物微生物组

原文链接：植物微生物组公众号

植物微生物组文章目录

组内文章

• 中科院遗传发育所揭示水稻全生育期根系微生物组的变化规律
• Nature Methods: 史上最权威宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集  
• Giga Sciences: 植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析  
• 中科院院刊：中国微生物组计划—农作物微生物组综述 导读版  完整版  
• Annu. Rev. Genet：植物微生物组综述—系统性见解与展望  
• Nature：植物微生物组功能研究 评论  导读  技术解读 1培养组学  2细菌基因组测序  3人工重组微生物群落  
• Plant J：细菌挥发性物质和光合信号激活低铁响应途径  

文献精读

• FEMS Microbiology Reviews:如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪上 中 下
• PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌
• Nature综述：人类微生物培养以及培养组学
• Nature：全球表层土微生物组群落结构和功能
• 微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落

系列教程

• Markdown编写云笔记
• Editplus编辑远程文件
• MarkdownHere排版公众号

统计

• R语言数据处理和变换——dplyr（1）
• 生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences
• • R统计简介
• 零假设和概率分布Null Hypothesis and Probability Distribution
• 群体、样本、估计和统计功效Populations, Samples, Estimates and Power
• 中心极限定理和t分布Central Limit Theorem and t-distribution
• 置信区间和效应大小Confidence Intervals and Effect Size
• 功效计算Power calculation

绘图

• GraphPad Prism —— 简单又好用的生物数据统计绘图软件
• AI科研绘图（一）：零基础入门和基本图形绘制
• AI科研绘图（二）：模式图的基本画法
• AI科研绘图（三）：排版
• 使用ggpubr包添加p值和显著性标记

宏基因组

• 宏基因组入门理论以及分析环境的部署
• KneadData质控宏基因组数据
• HUMAnN2 - 宏基因组代谢通路分析
• Megahit宏基因组测序数据的拼接
• 基因注释Prokka、Prodigal
• 非冗余基因集构建——cd-hit对注释的基因进行聚类
• Salmon进行基因组定量

文章泛读

组会文献

• PNAS-2018-玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物
• Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控上 中 下
• PBio-2018：如何设计可预测植物表型的微生物组
• PNAS-2018-病原菌在植物免疫下的转录组
• PNAS-2018-根系分泌物香豆素调控微生物群落结构并促进植物健康
• 水稻微生物组 PNAS 2015
• Nature：人类肠道微生物组的肠型
• Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
• Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压  
• Microbiome：HiSeq平台16S扩增子方法  
• Microbiome：重新定义“卫生”的概念  
• Microbiome：微生物组研究中优化方法和规避误区  
• Microbiome：宏蛋白质组揭示健康人肠道菌群功能  
• Cell：大肠癌耐化疗药，细菌是帮凶  
• Nature：FimH拮抗物选择性抑制尿路致病性大肠杆菌  
• Comment：研究微生物，只靠多组学根本不够  
• 1003个微生物基因组数据发布  
• Science：王二涛组发现植物-真菌互作新机制  
• Gut-2018-早期肝癌肠道生物标志物鉴定
• 中国微生物组计划-香山科学会议

工作效率

• Endnote X8云同步：家里单位实时同步文献  
• 网络打印机安装教程：HP LaserJet Pro MFP M226dw  

实验分析

• 16S扩增子分析经验  
• 微生物测序样本准备方法总结  
• 扩增子、宏基因组测序问题集锦  
• 微生物组相关软件导读  
• 细菌基因组测序常见问题  
• 16s rDNA数据分析经验

组内新闻

• 2018年全国“遗传·发育”研究生学术论坛
• 18年新年晚会节目成功卫冕 & 全所科普微生物改变世界
• 17年11月活动：宏基因组技术专题、乒乓球赛、趣味运动会和健步走  
• 博后王鑫在奥森10km计时赛成绩位列Q1  
• 新人欢迎贴(2)：向杰平,陈永森,赵学博,刘子轩  
• 植物微生组33天受邀原创-诚邀同行分享经验  
• 新人欢迎贴(1)：王超博士、秦媛硕士  
• 植物微生物组公众号成立  

阅读更多微生物组文章，欢迎扫码关注“植物微生物组”

点击阅读原文，跳转白洋组主页
http://bailab.genetics.ac.cn