作者：Wenhu

博客：http://bioinfostar.com/

本讲第一部分，介绍git的“足够你用”命令；本讲为第二部分，介绍github的主要用途,包括版本管理、分枝管理等，以及推荐的在Rstudio中使用git的教程，部分内容改编自廖雪峰的《Git教程》。欢迎转载，但请注明出处！

源代码：https://github.com/mckf111/mckf111.github.io/tree/master/_posts

Github是啥

这可绝对是个好东西啊，日前刚被微软收购，不知前景如何！

前面提到git的两大特点，版本控制相信大家看到这里，已经了然于胸了，而想要一窥分布式的威力，就不得不提到github这个“交友网站”啦！

分布式其实就是多个电脑上的版本库同时更新，都是最新版本，当有一处电脑上的版本库有改动时，通过推送，其他电脑都能接收到，这为下面讲的多人协作分支管理提供了基础，而github相当于一个始终处于开机状态的电脑，其他所有电脑可随时联网与它保持更新，获得最新版本。分布式与集中式有本质上的区别，具体解释请参考廖雪峰：集中式VS分布式。

配置你的github

1. 注册账号：

https://github.com/ 这个毫无难点，不用多说。

2. 创建SSH密钥。

本地的git仓库和github上的仓库是通过SSH(secure shell)加密传输的，也就是你每次的版本同步更新，都要在验证密码正确的前提下进行:

ssh-keygen -t rsa -C "your_own_email@example.com"

把email地址换成你自己常用的，执行完上述命令后，你主目录(~)中就会有.ssh文件夹出现，里面包含两个文件：id_rsa和id_rsa.pub，前面是私钥，不可泄露，而后面的是公钥(public)，这是要提交给github的。

3. 把id_rsa.pub的内容提交给github

进入.ssh目录，提取公钥内容。

cd ~/.ssh
cat id_rsa.pub

将屏幕上的内容全部复制下来，再来到你的github主页：Settings - SSH and GPG keys - New SSH key - 取个title，”my_computer”之类的，然后把刚才复制的内容全部粘贴到下面的key框框中 - Add SSH key，至此，你的电脑本地仓库就和github配置好了安全连接。

远程库

github最重要的作用就是为你的本地项目提供一个云端同步更新的仓库，让你走到哪都能随意撸代码，无需担心版本问题，同时，如果有多人参与你的项目，你的合作者也能随时看到最新的版本状态，和你电脑上的版本库保持同步更新。

创建远程库

在你的github主页右上角可以看到一个+，点开后，点击New repository，进入创建远程库的初始界面，在Repository name里填上你的仓库名称，本例中应填上myapp，其他的不用管，直接点击最下方的绿色按钮Create repository。

当然，你可以使用网页中的按扭来添加代码和文件，但我们更多的是在本地进行编辑和添加操作。命令行模式编辑一个仓库，注意修改github的用户名为自己帐号名称(非邮箱地址，每个github有一个用户名作为唯一地址，全球唯一)，如下文中的YongXinliu：

此处将用户名赋与变量，只需修改一次即可

username=YongxinLiu

克隆远程库（git clone）

如果你的同事对版本做了修改，并且推送到了远程库，但你还没有更新，或者对github上别人的开源项目感兴趣，想弄到本地来研究研究，这时你就需要把远程库先给克隆到本地上来。

也是一个命令全搞定：

git clone git@github.com:${username}/myapp.git

其中，你所需要修改的就是：${username}改为你想克隆的仓库的创建者，myapp改为仓库名称，其他不用动，注意，其中的:后面没有空格，不可习惯性的加上一个，否则报错！如果报错了，出了问题，请学会google和求助stackoverflow，这是必备技能，meta-knowledge！

编辑库

# 进入工作目录
cd myapp
# 编辑文件
vim README.md
# 添加修改版本
git add .
git commit -m "modi readme"

推送修改至github（git push)

我们要关注的是第二条：”…or push an existing repository from the command line”，把提示的命令输入到git bash中 (注意，此时你的工作目录必须在myapp/中）：

git push origin master
#Counting objects: 3, done.
#Writing objects: 100% (3/3), 279 bytes | 279.00 KiB/s, done.
#Total 3 (delta 0), reused 0 (delta 0)
#To github.com:YongxinLiu/myapp.git
#   3cdfcb3..9007fb7  master -> master
#Branch 'master' set up to track remote branch 'master' from 'origin'.

以后，在你想要把本地的commit推送到远程库时，只需记住这一个命令：git push origin master，其中origin是远程库的名字，而master则是主分支的名字。

这时，你再刷新一下github的myapp页面，你会发现库中的内容和你本地一模一样了。

注意：第一次push的时候，会有警告出现，输入yes即可，不用害怕~

分支管理

之前我们所有的操作都是在master主分支中进行，但我们会经常有个新想法，想试验一下，写了几个文件，但又不想影响主分支，或者影响同伴的工作，怎么办？最好的就是，从master上叉出一条次分支，与master互不干扰，等到自己的开发成熟了，并且与同伴沟通好了，再把次分支合并到主分支上。这是git的最大特色了！

创建及查看分支（git branch）

在本例中，我们创建一个开发分支development：

git branch dev

我们再看下目前有哪些分支：

git branch##   dev## * master

结果提示我们目前有dev和master两个分支，前面带*号的表明当前所处分支。

切换分支（git checkout）

我们换到dev分支去看看：

git checkout dev## Switched to branch 'dev'git status## On branch dev## nothing to commit, working tree clean

切换成功，现在你可以在dev分支上做各种改动，但都不会丝毫影响到master分支。

合并分支（git merge）

当你对新开发的特性很满意之后，想要把dev的改动全部合并到master，可以用git merge BRANCHNAME命令，首先要先切换到master分支：

git checkout master## Switched to branch 'master'## Your branch is up-to-date with 'origin/master'.git merge dev## Already up-to-date.

删除分支（git branch -d）

如果你不想要dev分支了：

git branch -d dev## Deleted branch dev (was 7dcb016).

玩点花样

有木有觉得前面的指令打起来会经常敲错字母，比如我老是将git checkout打成git chekout，能否有简化一点的办法呢？必须有！别名（alias）！

git config --global alias.co checkout

输入上面指令之后，你每次就不用输入git checkout了，只需git co即可，爽不爽？那就继续多改几个吧：

git config --global alias.st status
git config --global alias.cm commit
git config --global alias.br branch

当然，你也可以指定你喜欢的别名，不一定要和我一样。最后，再来个猛的，从廖老师那里学到的：

git config --global alias.lg "log --color --graph --pretty=format:'%Cred%h%Creset -%C(yellow)%d%Creset %s %Cgreen(%cr) %C(bold blue)<%an>%Creset' --abbrev-commit"

你可以输入git lg试试看，好了，git的基本常用指令和github的简要介绍就到这里了，下面稍微提一下在R中如何玩git。

Rstudio的git工具

以上的知识，可以让你轻松管理你编辑的R代码，备份，版本管理。但Rstudio集成使用会有更直观的查看版本代码的修改。

相信很多Rer都是用Rstudio来写R和运行R的，Rstudio本身也集成了git的功能，并且做成了图形化界面，方便一些不习惯git bash的朋友，点点鼠标，就能完成版本控制！具体的用法，由于篇幅所限，就不展开说了，有兴趣的同学可以参考R packages: Git and Github http://r-pkgs.had.co.nz/git.html ，里面的介绍非常简洁易懂，半小时就能搞定，自主学习吧~

关注我的最新博文，请访问 http://bioinfostar.com

Reference

1. 廖雪峰的《Git教程》https://www.liaoxuefeng.com/wiki/0013739516305929606dd18361248578c67b8067c8c017b000
2. 学R学初阶-03-R-Git和Github-2 http://bioinfostar.com/2018/06/15/%E5%AD%A6R%E5%AD%A6%E5%88%9D%E9%98%B6-03-R-Git%E5%92%8CGithub2/

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