在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年7月北京鼓楼推出《宏基因组分析专题培训》,大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析,独创线下集中授课2天+自行练习5天+再集中讲解答疑2天三段式教学,真正实现独立分析大数据。
关于学习生物信息学分析的重要性,请阅读《生物信息9天速成班—成为团队中不可或缺的人》。
课程简介
宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。成立10个月关注人数近2万,累计阅读近2百万次。
为满足广大读者进一步学习的需求,现联合《生信宝典》组织宏基因组学专题培训课程,进一步学习和交流宏基因组学分析技术,手把手带您快速入门、节约宝贵的时间,助力科研成果早日产出。
课程涉及主要内容如下:
一、宏基因组学概述
- 背景:国际微生物组、中国微生物组计划
- 研究对象:人、动物、植物、环境
- 研究方法:培养组学、扩增子、宏基因组、宏转录组、宏蛋白组、宏代谢组、宏基因组关联分析、宏表观组……
- 宏基因组学的研究热点:培养组、肠菌与疾病、MWAS……
二、宏基因组测序原理和实验设计
- 测序基本原理
- 肠道、环境、根系样品制备、实验重复和测序数据量的选择
- 正确设计实验组与正/负对照
- 样品制作和建库中的误区、注意事项
- 宏基因组分析SCI文章的常用套路
- 宏基因组与扩增子优缺点比较
三、宏基因常用结果解读
- 原始数据评估、组装结果好坏的判断
- 基于基因丰度样品、组间差异展示:相关性、PCA、PCoA、CCA等结果怎么看
- 差异KEEG及相关pathway通路图结果
- Cicos常用场景:基因拼接展示、分类功能基因来源分布
- 韦恩图、三元图展示三组及多组间相同与不同
- 网络图与分组、环境因子相关的意义
四、宏基因分析流程讲解及实战
- 实验设计的编写原则
- HiSeq数据的质控:fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
- 宏基因组拼接:megahit, SPAdes
- 拼接结果评估:quast
- 基于kmer样品和组间差异分析:sourmash
- 基因注释:Prokka、MetaGeneMark
- 构建非冗余基因集:cd-hit
- 基因丰度估计:bowtie2, bwa, salmon等方法快速基因丰度定量,后续可进行PCA、PCoA、CCA等整体组间差异比较;也可进一步进行edgeR、metastat、Lefse进行组间差异基因分析;
- 物种注释:获得非冗余基因集物种注释信息,结合第8步丰度值可进行组间差异物种分析;
- 基因功能分类注释:代谢通路(KEGG),同源基因簇(eggNOG)注释,结果8中丰度进行组间差异功能比较;
![image](http://bailab.genetics.ac.cn/markdown/train/meta.pipeline0.jpg)
五、高级分析与可视化实战
- R语言统计绘图与可重复计算
- 宏基因组中鉴定单菌(分箱bin):Maxin, metabin
- Bin结果评估及可视化:CheckM, VizBin
- 宏基因组可视化:Circos、Anvi’o
- 有参宏基因组分析:MetaPhlAn2、Humann2
- 在线绘图:METAGENassist
- 在线流程:megan6、MG-RAST
- 网络分析: igraph、WGCNA、Cytoscape
主讲教师
主讲老师包括中科院微生物所、遗传发育所、基因组所、生物物理所等多名本领域一线技术专家。
助教团队
十余名科学院、清华、北大博士(含在读),轮值讲师和助教,辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。
培训时间
2018-07-14 到 2018-07-15 (线下讲解实战)
2018-07-21 到 2018-07-22 (可线上线下同时,照顾不能长时间在北京的朋友)
每天早9点到晚5点,半封闭式教学
报到时间:开课前的周五晚上准备晚宴欢迎大家,促进相互认识和了解
授课地点
北京市西城区鼓楼明德大厦 (北京市旧鼓楼大街47号院2号楼2010)。
课程价格
- 原价 6999 元/人,
截止 2018-06-29 4199 元/人
之后恢复原价6999元/人 (住宿自行解决,提供培训期间午餐) - 名额有限,每次课程报名满30人后自动关闭报名通道
- 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会
暑期促销优惠活动
在2018年6月底前报名且成功缴费的用户,不仅可以获得上课的前排座位(座位按报名并成功缴费顺序从前到后龙摆尾式排序),更可同时享受如下四重优惠。
- 赠送价值188元线上生信基础课程一门,目前有《应用Python处理生物信息数据和作图》、《生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版》和《转录组高级分析》和《生物信息中的Linux应用》任选其一。
- 获赠32G品牌定制U盘 (内含数据资料)。
- 多人(N,10>N>1)组团报名并同时缴费,每人还可获得价值N百元的礼品(充值或购物卡)。
- 零元学习588元微生物扩增子实战分析,学员预先购买课程,待完成宏基因组线下课程者,返现90%(10%被腾讯课堂扣除)。
*注意事项
- 需自备笔记本电脑,系统不限(推荐使用Windows 10系统,8G内存更流畅)。课程实践提供云计算平台。
- 培训班所有数据,文档为内部资料,仅供参阅,未经允许不得翻印外传登刊。
- 上课期间禁止录音,录像。
- 成功付款的学员,若临时有紧急事情不能到来的,可申请延期,更换后续培训班;也可申请退款。
- 若开课2周 (含) 前申请退款可退还85%费用;开课3个工作日 (含) 前申请退款退还70%的费用。
- 不可先延期再退款。
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学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战,关注“宏基因组”
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