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本文原创“生信宝典”公众号,作者陈同。
转录组大家都很熟悉了,我们之前也有几篇介绍:
年前开了一期二代转录组线下研讨班,效果挺好,大家学的很扎实,不少朋友又继续参加了后续其它内容的培训课程。在一起学习,一起聊天,互相有些收获;能得到持续的认可,是我们最好的动力。
上次转录组培训后,还有不少新朋友希望能再开一期。5月份又恰逢一个在美国做三代测序分析 (PacBio和Nanopore)的朋友回国,机会难得,就决定在5月12日-20日在北京鼓楼再开一期,前两天二代
转录组测序分析,后两天三代
转录组测序分析。
这么多的内容看似与我们之前推崇的内容要少,学会是王道,有些不符。但多次培训下来,发现大家的接受能力都比较强,而且在微生物组扩增子培训时, 我们探索了一个更好的方式,保证在内容多的时候,也可以不同层次的朋友学会。
我以前推崇学习就要敲代码,我们在教授基础课时都是现场讲解思路
、现场敲代码
、现场调试
,演示整个程序的编写、调试过程,给大家感受写程序的过程。而且助教老师和学员们会临时提出很多问题和需求,现场一起去解决,在这个过程中都能学到很多新知识和新用法。我们第一期转录组也是这么进行的,当时设置的内容比较少,整个学习下来很扎实。
但后来发现,这个对基础课如(Linux, R, Python)效果更好;而后面的高级分析课,尤其是对基础薄弱的朋友,更重要的是能理解整个分析过程,运行流程得到分析结果,把流程带走应用到自己的数据。而且大家把时间花在敲代码上,效率就会低一些 (不过如果想做生信,这一步总是要做的,回去对着视频和脚本,自己敲,有问题在群里提问,就事半功倍了)。
我们在扩增子课程中第一次探索了提供整个分析流程的方式,一步步讲解一遍流程的细节,一步步运行体验流程,再重头讲一遍流程,反复至少三遍 (之所以说至少,是因为中间也会对多个细节进行多次讲解和讨论),从理论和操作都对流程和结果有了深入理解。而且我们做了很好的封装,如果应用于自己的数据,只需修改下对应的实验设计文件,就可以获得最终的分析图表。
这样不同基础的朋友都可以有自己的收获:
互相阅读代码
,才能更好进步;在正在进行的ChIP-seq课程中,软件安装基于Conda,运行环境近乎一键部署;提供了整套分析命令,封装上没有扩增子课程做的好,但总体易用,简单改下样品名字即可用。这个课程也是目前课上讨论比较热烈的课程,一边运行着流程,一边讲解流程并讨论新的解决方式,整个过程下来感觉很充实,头脑风暴+现场实现。数据处理中流程是一方面,细节把握也很重要,这个需要不断讨论才能了解更深。
有了这些基础和尝试,这次同时提供二代和三代转录组分析,并在之前的基础上增加可变剪接分析。相信内容增多,效果也会更好。而且培训后,还可以继续观看培训视频,反复学习。不怕学不会,就怕不去学。
(如果基础薄弱,报名付款成功后,可免费领取基础程序课,做好准备工作, 让程序成为我们的得力工具而不是学习新知识的绊脚石。)
请详细阅读课程简介,如果以下内容您全部或部分精通,欢迎报名应聘讲师。
(不同版本会有细微差别,具体流程以实战专家讲述为主。)
如果您有其它关注的问题,也请报名时提出,把这次课程变成您的定制讲解。
主讲老师包括爱荷华大学、中科院微生物所、遗传发育所、基因组所、生物物理所等多名本领域一线技术专家。
十余名科学院、清华、北大博士(含在读),轮值讲师和助教,辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。
2018-05-12 到 2018-05-13 (主要是二代测序)
2018-05-19 到 2018-05-20 (主要是三代和二三混合)
独创线下集中授课2天+自行练习5天+再集中讲解答疑2天+后期学习群的四段式教学,并提供学习视频,教、学、练、答结合,真正实现独立分析大数据。
每天早9点到晚5点,半封闭式教学
报到时间:上课当天。
北京市西城区鼓楼明德大厦 (北京市旧鼓楼大街47号院2号楼2010)。
*注意事项
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