欢迎点击上方蓝色"宏基因组"关注我们！

本文转载自“宏基因组”，更多文章点我跳转公众号阅读

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。

本公众号每日推送一文，工作日分享宏基因组领域科研思路、实验和分析技术，理论过硬实战强；周末科普和生活专栏，轻松读文看片涨姿势。目前经过四个月发展，分享过百篇原创文章，已有7700+小伙伴在这里一起学习了，感兴趣的赶快关注吧。

文章分类导航目录

所有蓝字均为文章链接，点击直达原文阅读

精选文章推荐

5000+

• DNA提取发Nature

• 论文图表基本规范

• 岛国生物科普—生命大跃进

• 你想要的宏基因组-微生物组知识全在这

3000+

• 微生物组入门必读+宏基因组实操课程

• 2分钟视频回顾植物学家钟扬的贡献

• 一文读懂进化树

• 自学生信-biostar handbook

• 宏基因组分析教程

• 4500元的微生物组培训资料

1000+

• 一文读懂微生物组

• 扩增子图表解读-理解文章思路

• 扩增子分析流程-把握分析细节

• 扩增子统计绘图-冲击高分文章

• PICRUSt：16S预测宏基因组

• 五彩进化树与热图更配-ggtree美颜进化树

• 扩增子分析还聚OTU就真OUT了

• 16S预测微生物群落功能

科研经验

• 如何优雅的提问

• 公众号搜索方法大全

• 科研团队成长三部曲：1云笔记 2云协作 3公众号

• 生信编程模板 Perl Shell R

• 生物信息之程序学习

• Endnote X8云同步：有网随时读文献

• 转录组分析的正确姿势

软件和数据库使用

• SILVAngs: 扩增子16S/18S免费在线分析

• 微生物组间差异分析神器-STAMP

• 扩增子分析神器USEARCH

• 微生物扩增子数据库大全

• antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇预测

• 微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet

• FUNGuild：真菌功能注释

• Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达

• psRobot：植物小RNA分析系统

• RepeatMasker：基因组重复序列注释

扩增子学习三步曲

1图表解读-理解文章思路

2分析流程-把握分析细节

• 扩展1：视频教程-夯实分析思路

• 扩展2：QIIME2教程-了解分析趋势

3统计绘图-冲击高分文章

宏基因组分析专题

• 1背景知识-Shell入门与本地blast实战

• 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer

• 3组装拼接MEGAHIT和评估quast

实验技术

• 海洋可培养微生物的鉴定与分类

• 怎么取粪便样品

基础知识必读综述

• Microbiota, metagenome, microbiome区别

• 研究微生物，只靠多组学根本不够

• 中国微生物组计划—农作物微生物组

• Annu Rev：植物微生物组—系统见解与展望

• 微生物组学与植物病害微生物防治

• 组学重建真菌现有分类系统

• 微生物应用|农业废弃物资源化利用

• 宏基因组学入门1初识 2进一步 3拼接

• 肠道微生物与人类密切相关的方方面面

高分文章套路解读

• Nature: 培养组学—高通量细菌分离培养鉴定

• Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌

• Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成

• Nature Method: 史上最权威宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集

• NC：降低微生物群落复杂度突破组装难题

• GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析

• Microbiome：微生物组研究中你必须注意的细节

• Microbiome：HiSeq平台16S扩增子文库构建方法

• Microbiome: 简单套路发高分文章--杨树微生物组

• Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压

• Microbiome：重新定义“卫生”概念

科普视频-寓教于乐

• BBC人体奥秘之细胞的暗战

• BBC人体奥秘 Inside.the.Human.Body

• NG人体内旅行Inside.the.Living.Body

• NG子宫日记 Womb

• NHK: 再造人类生命的神奇细胞

• CCTV9让尸体说话-法医密档

• 豆瓣8.9，惹哭亿万中国人的纪录片-本草中华

生活点滴-同行百态

• 谁不是边回头,边向前走

生信编程基础教程

Linux Shell——分析大数据

• Shell模板和语法高亮

• 命令运行监测和软件安装

• Linux学习-环境变量和可执行属性

• 管道、标准输入输出

• 常见错误和快捷操作

• 文件排序和FASTA文件操作

• 文件列太多，很难识别

• 服务器数据定期同步和备份方式

• 查看服务器配置信息

Python基础——数据无缝连接

1 2 3 4 5 6 Pandas

R统计绘图——可重复绘图

• 入门环境Rstudio

• 基础概念和矩阵操作

• PCA主成分分析

• 热图绘制 (heatmap) 热图美化 热图简化

• 线图绘制 线图一步法

• 箱线图,小提琴图,区域散点图 箱线图一步法

• 散点图绘制 富集分析泡泡图

• 富集分析DotPlot

• 火山图

• 柱状图

• 韦恩图

• 轻松绘制各种Venn图

友军文章汇总推荐

• 微生物生态最值得阅读的30篇文章——本领域最早的中文干货

• 学习生信的系列教程——纯生信一作发IF>20的大神

• 生信媛公众号文章目录——美女就是受欢迎

• biobabble公众号文章目录——15个R包作者

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内六十位PI，六百多名一线科研人员加入。参与讨论，获得专业指导、问题解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加创始人好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决推荐生信技能树-微生物组版块(http://www.biotrainee.com/forum-88-1.html) 发贴，并转发链接入群，问题及解答方便检索，造福后人。

学习16S扩增子、宏基因组分析，快关注“宏基因组”

点击阅读原文，跳转最新文章目录阅读