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在介绍本次教程的主要内容之前,笔者向大家推荐一个很好的中文教程网站:http://pymol.chenzhaoqiang.com/index.html。该网站提供了较为详细的Pymol使用教程。这里笔者根据自己的使用经验,着重介绍Pymol部分实用的功能。在这个网站(PyMOL scripts (queensu.ca))可以找到大量实用的Python脚本以实现各种不同的功能,如统计氢键个数、计算rmsd、画原子间的矢量箭头等。
1. Pymol窗口界面简介
在解释Python 脚本的使用方法之前,这里先简单介绍一下Pymol 软件的窗口界面,如下图所示。
Pymol的主要窗口如上图所示,本次教程主要用到的是命令窗口。
2. Python脚本的创建和使用
笔者认为Pymol强大的功能之一在于可以执行Python脚本,使得Pymol具有非常好的扩展性和便捷性。通过Python脚本,读者可以根据自己的需求让Pymol执行特定的操作。比如批量作图、给特定的原子着色、在特定的原子间画键或平面等。这里简要介绍Python脚本的创建和使用方法。
Pymol中很常用的一个包是cmd,在Python脚本中需要调用cmd来实现一些在命令窗口直接输入的命令。比如PyMOL> select atom_c, name C这行命令在Python脚本中应写成cmd.select('atom_c', 'name C')。注:cmd.select('atom_c', 'name C')可以在命令窗口中直接执行。下面以一个用于渲染和保存图片的Python脚本为例介绍脚本的使用。
#可以将本脚本保存在save_image.py 文档中 from pymol import cmd #调用cmd程序包 object_name = cmd.get_names('all', 1)[0] #获取对象名,用作所保存的图片名 cmd.png(object_name,width=5400, height=3600, dpi=600, ray=1) #保存图片 |
在命令窗口输入’run save_image.py’,即:PyMOL> run save_image.py上述save_image.py 脚本的使用方法是:
这样通过调用save_image.py脚本就可以轻松实现图像的渲染、命名和保存。
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