gamlss-master.zip

https://zhuanlan.zhihu.com/p/47672110?utm_source=qq&utm_medium=social&utm_oi=819656213129232384

https://zhuanlan.zhihu.com/p/39404644?utm_source=qq&utm_medium=social&utm_oi=819656213129232384

https://zhuanlan.zhihu.com/p/30052731?utm_source=qq&utm_medium=social&utm_oi=819656213129232384

https://github.com/cran/gamlss

0.前言

　　虽然很早就知道R被微软收购，也很早知道R在统计分析处理方面很强大，开始一直没有行动过。。。直到

　　直到12月初在微软技术大会，看到我软的工程师演示R的使用，我就震惊了，然后最近在网上到处了解和爬一些R的资料，看着看着就入迷了，这就是个大宝库了，以前怎么没发现，看来还是太狭隘了。直到前几天我看到这个Awesome R文档，我就静不下来了，对比了目前自己的工作和以后的方向，非常适合我。所以毫不犹豫的把这个文档汉化了，所以大家一起享受吧。

说明：本文已经提交到github，地址：https://github.com/asxinyu/awesome-R ，由于个人知识和能力限制，部分组件特别是机器学习方面比较专业的术语无法翻译，如果有懂的朋友可以留言或者在github直接修改。一起完善。

这里有很多非常不错的R包和工具. 该想法来自于awesome-machine-learning.

这里是包的导航清单，看起来更方便 https://awesome-r.com

　　通过这些翻译了解这些工具包，以后干活也就方便多了。不过翻译这个东西的确要靠耐心，翻译，编辑花费了至少一周的空余时间。　　

　　在编辑本文的过程中，惊喜的发现原来 伯乐在线 也在翻译Awesome系列的其他资源：地址在github：

1.https://github.com/jobbole/awesome-dotnet-cn

2.https://github.com/jobbole/awesome-java-cnhttp://www.cnblogs.com/best/p/5876559.html

3.https://github.com/jobbole/awesome-javascript-cn

1.集成开发环境

• RStudio - 一个非常强大高效的图形界面开发环境，可以在Windows, Mac, 和Linux运行. 官网：http://www.rstudio.org/

• Emacs + ESS - ESS是一个emacs文本编辑器的一个统计分析的插件. 官网：http://ess.r-project.org/

• Sublime Text + R-Box - 一个在Sublime 2/3中使用R语言编程的插件. 官网：http://github.com/randy3k/R-Box/

• TextMate + r.tmblundle - TextMate 1/2的插件. 官网：https://github.com/textmate/r.tmbundle

• StatET - 一个基于Eclipse的R语言IDE. 官网：http://www.walware.de/goto/statet

• Revolution R Enterprise - 专注于大数据,大规模多处理器的功能,可以对学术用户免费提供和商业使用. 官网：http://www.revolutionanalytics.com/get-revolution-r-enterprise

• R Commander - 一个包括基本图形用户界面的R包. 官网：http://socserv.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/

• IRkernel - Jupyter的R语言内核. 官网：https://github.com/IRkernel/IRkernel

• Deducer - 一个菜单驱动的数据分析的GUI工具,类似电子表格数据编辑器. 官网：http://www.deducer.org/pmwiki/pmwiki.php?n=Main.DeducerManual?from=Main.HomePage

• Radiant - 一个使用R语言，独立的基于浏览器接口的业务分析平台,基于Shiny. 官网：http://vnijs.github.io/radiant/

• Vim-R - Vim中R语言插件. 官网：https://github.com/vim-scripts/Vim-R-plugin

• Nvim-R - Neovim中R语言插件. 官网：https://github.com/jalvesaq/Nvim-R

• JASP - 一个完整的贝叶斯和概念论相关方法的R包,和使用SPSS非常相似。 官网：https://jasp-stats.org/

• Bio7 - 一个包括创建,科学图像分析和统计分析的IDE. 官网：http://www.bio7.org/

• RTVS - Visual Studio中R开发工具. 官网：http://microsoft.github.io/RTVS-docs/

2.语法

• magrittr - 一个R语言高效的管道操作包. 官网：https://github.com/smbache/magrittr

• pipeR - 多泛型管道的实现. 官网：https://github.com/renkun-ken/pipeR

• lambda.r - R语言中函数式编程和简单的模式匹配. 官网：https://github.com/zatonovo/lambda.r

• purrr - 一个高级函数编程语言包. 官网：https://github.com/hadley/purrr

3.数据操作

• dplyr - 快速数据操作和数据库查询. 官网：https://github.com/hadley/dplyr

• data.table - 使用短小灵活的语法操作数据. 官网：https://github.com/Rdatatable/data.table

• reshape2 - 灵活的数据排列,聚合处理. 官网：https://github.com/hadley/reshape

• readr - 一个快速简单的读取表格数据到R中的包. 官网：https://github.com/hadley/readr

• haven - 对导入SPSS,STATA和SAS的文件进行改进. 官网：https://github.com/hadley/haven

• tidyr - 方便对数据进行整理、传播和收集. 官网：https://github.com/hadley/tidyr

• broom - 将统计分析对象转换成整齐的数据框(一种数据组织和呈现的方式). 官网：https://github.com/dgrtwo/broom

• rlist - 一个操作非规范化数据的工具箱. 官网：https://github.com/renkun-ken/rlist

• jsonlite - 一个快速解析JSON文件的包. 官网：https://github.com/jeroenooms/jsonlite

• ff - 设计用来存储大型数据集的数据结构. 官网：http://ff.r-forge.r-project.org/

• lubridate - 一组日期和时间函数. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/lubridate/index.html

• stringi - 基于ICU的字符串处理方案. 官网：http://www.rexamine.com/resources/stringi/

• stringr - 基于stringi之上的对字符串处理API. 官网：https://github.com/hadley/stringr

• bigmemory - 提供共享内存和内存映射矩阵,同时也包提供额外的工具,包括线性模型.(biglm) 和随机森林 (bigrf). 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/bigmemory/index.html

• fuzzyjoin - 使用不精确匹配的方式连接表数据. 官网：https://github.com/dgrtwo/fuzzyjoin

• tidyverse - 简单从tidyverse下载和安装包. 官网：https://github.com/hadley/tidyverse

4.图形显示

• ggplot2 - 强大的绘图统计和计算图形系统的实现.强烈推荐. 官网：https://github.com/hadley/ggplot2

• ggfortify -一个ggplot2(流行的统计软件包)统一的接口(使用一行代码即可). 官网：https://github.com/sinhrks/ggfortify

• ggrepel - 排除重叠的文本标签. 官网：https://github.com/slowkow/ggrepel

• ggalt - ggplot2额外的坐标系统,几何和统计. 官网：https://github.com/hrbrmstr/ggalt

• ggtree - 可视化和注释的系统树. 官网：https://github.com/GuangchuangYu/ggtree

• ggplot2 Extensions - ggplot2扩展显示例子. 官网：https://ggplot2-exts.github.io/ggiraph.html

• lattice - 一个强大优雅的高级数据可视化系统. 官网：http://lattice.r-forge.r-project.org/

• corrplot - 图形显示相关矩阵或一般矩阵。它还包含一些矩阵重新排序算法. 官网：https://github.com/taiyun/corrplot

• rgl - R中3D可视化系统. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/rgl/index.html

• Cairo - 一个使用cairo组件创建高质量显示输出的R图形包. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/Cairo/index.html

• extrafont - 在R中图像中使用字体的工具. 官网：https://github.com/wch/extrafont

• showtext - 让R图形设备显示文本的时候使用系统字体. 官网：https://github.com/yixuan/showtext

• animation - 一个使用 ImageMagick在R中产生动画图形的工具. 官网：http://yihui.name/animation/

• gganimate - 用ggplot2创建简单的动画. 官网：https://github.com/dgrtwo/gganimate

• misc3d - 强大的3D绘图工具. 官网：https://cran.r-project.org/web/packages/misc3d/index.html

• xkcd - 在图表中使用xkcd风格. 官网：https://cran.r-project.org/web/packages/xkcd/index.html

• imager - 一个基于CImg库的图像处理包. 官网：http://dahtah.github.io/imager/

5.HTML部件

• d3heatmap - 使用D3绘制互动的热图. 官网：https://github.com/rstudio/d3heatmap

• DataTables - 将R矩阵或数据框作为交互的HTML表. 官网：http://rstudio.github.io/DT/

• DiagrammeR - 在R中创建JS图表和流程图. 官网：https://github.com/rich-iannone/DiagrammeR

• dygraphs - 在R中绘制时间序列数据图形. 官网：https://github.com/rstudio/dygraphs

• formattable - 可格式化的数据结构. 官网：http://renkun.me/formattable/

• ggvis - R中交互式的图形处理语法. 官网：https://github.com/rstudio/ggvis

• Leaflet - 一个非常流行的交互式地图JavaScript组件. 官网：http://rstudio.github.io/leaflet/

• MetricsGraphics - 可以轻松创建D3散点图、折线图和直方图. 官网：http://hrbrmstr.github.io/metricsgraphics/

• networkD3 - D3 JavaScriptR网络图. 官网：http://christophergandrud.github.io/networkD3/

• scatterD3 - D3 互动散点图. 官网：https://github.com/juba/scatterD3

• plotly - 使用plot.ly进行交互式ggplot2和Shiny绘图. 官网：https://github.com/ropensci/plotly

• rCharts - 交互式JS绘图. 官网：https://github.com/ramnathv/rCharts

• rbokeh - Bokeh的R接口. 官网：http://hafen.github.io/rbokeh/

• threejs - 交互式3D散点图和地球仪. 官网：https://github.com/bwlewis/rthreejs

• timevis - 创建完全交互式的时间轴可视化图形. 官网：https://github.com/daattali/timevis

• visNetwork - 使用vis.js类库进行网络可视化. 官网：https://github.com/datastorm-open/visNetwork

6.复用组件研究

• knitr - R中简单的动态报表生成工具. 官网：http://yihui.name/knitr/

• xtable - 将表格导出到LaTeX或者HTML. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/xtable/index.html

• rapport - 一个R模版系统. 官网：http://rapport-package.info/#intro

• rmarkdown - R动态文档工具. 官网：http://rmarkdown.rstudio.com/

• slidify - 创建和发布漂亮的html5展示效果. 官网：https://github.com/ramnathv/slidify

• Sweave - 使用R创建LaTeX报表的R包. 官网：https://www.statistik.lmu.de/~leisch/Sweave/

• texreg - 在LaTex和HTML中格式化统计模型. 官网：http://www.philipleifeld.de/software/texreg/texreg.html

• checkpoint - 从检查点快照服务器安装包. 官网：https://github.com/RevolutionAnalytics/checkpoint

• brew - 报告模板的生成框架.可以和knitr合并. 官网：https://cran.r-project.org/web/packages/brew/index.html

• ReporteRs - 一个生成微软Word, PowerPoint和HTML报表的R包. 官网：http://davidgohel.github.io/ReporteRs/index.html

• bookdown - 使用R Markdown编写书籍. 官网：https://bookdown.org/

• ezknitr - 避免使用'knitr'带来的工作目录的痛苦. 官网：https://github.com/daattali/ezknitr

7.Web技术和服务

• Web Technologies List - 关于如何使用R和网络的相关信息. 官网：https://github.com/ropensci/webservices

• shiny - 使用R创建简单的Web交互应用. 官网：https://github.com/rstudio/shiny

• RCurl - 常规的网络客户端接口 (HTTP/FTP/...) . 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/RCurl/index.html

• httr - 使用更加友好的RCurl封装. 官网：https://github.com/hadley/httr

• httpuv - HTTP和WebSocket服务程序. 官网：https://github.com/rstudio/httpuv

• XML - R中生成和解析XML的工具. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/XML/index.html

• rvest - 简单的web信息抓取,使用CSSSelect 和 XPath 语法. 官网：https://github.com/hadley/rvest

• OpenCPU - HTTP API. 官网：https://www.opencpu.org/

• Rfacebook - Facebook API. 官网：https://github.com/pablobarbera/Rfacebook

• RSiteCatalyst - Adobe 分析服务的R语言客户端. 官网：https://github.com/randyzwitch/RSiteCatalyst

• plumber - 一个将现有的R代码转换为API的包. 官网：https://github.com/trestletech/plumber

8.并行计算

• parallel - R语言高性能的并行计算平台. multicore and snow. 官网：http://cran.r-project.org/web/views/HighPerformanceComputing.html

• Rmpi - Rmpi对MPI APIS提供了一个包装过的接口,它也提供一个交互式的R环境. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/Rmpi/index.html

• foreach - 使用并行来执行循环. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/foreach/index.html

• SparkR - R for Spark. 官网：https://github.com/amplab-extras/SparkR-pkg

• DistributedR - 一个来自惠普Vertica Analytics团队的可伸缩的高性能平台. 官网：https://github.com/vertica/DistributedR

• ddR - 提供分布式数据结构,简化了R中的分布式计算. 官网：https://github.com/vertica/ddR

• sparklyr - 来自RStudio的Spark接口. 官网：http://spark.rstudio.com/

9.高性能

• Rcpp - Rcpp在R中提供了一个高效的API,使得函数更快执行. 官网：http://rcpp.org/

• Rcpp11 - Rcpp11完全重新设计,以C++11为目标. 官网：https://github.com/Rcpp11/Rcpp11

• compiler - 使用JIT提高R代码的速度. 官网：http://spark.rstudio.com/

10.语言API

• rJava - R语言对JAVE接口. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/rJava/

• jvmr - 集成了R, Java, and Scala. 官网：https://github.com/cran/jvmr

• rJython - R语言对Python/Jython的接口. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/rJython/index.html

• rPython - 允许R调用Python. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/rPython/index.html

• runr - 在R中运行Julia和Bash. 官网：https://github.com/yihui/runr

• RJulia - R中调用Julia. 官网：https://github.com/armgong/RJulia

• RinRuby - 一个Ruby库,整合了R用Ruby解释器. 官网：https://sites.google.com/a/ddahl.org/rinruby-users/

• R.matlab - 读写mat文件,将R和Matlab连接到一起. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/R.matlab/index.html

• RcppOctave -Octave and Matlab的接口. 官网：https://github.com/renozao/RcppOctave

• RSPerl - 双向接口,R中调用Perl和在Perl中调用R. 官网：http://www.omegahat.org/RSPerl/

• V8 - 嵌入JavaScript引擎. 官网：https://github.com/jeroenooms/V8

• htmlwidgets - R中把JavaScript数据可视化的最好方法. 官网：http://www.htmlwidgets.org/

• rpy2 - Python对R的接口. 官网：http://rpy.sourceforge.net/

11.数据库管理

• RODBC - R中ODBC数据库范围. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/RODBC/

• DBI - 在R和数据库管理系统之间定义一个公共的接口. 官网：https://github.com/rstats-db/DBI

• elastic - Elasticsearch HTTP API的包装器. 官网：https://github.com/ropensci/elastic

• mongolite - R中Mongo客户端. 官网：https://github.com/jeroenooms/mongolite

• RMySQL - R语言的MySQL数据库接口. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/RMySQL/

• ROracle - R中Oracle数据库的接口. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/ROracle/index.html

• RPostgreSQL - R语言的PostgreSQL数据库系统接口. 官网：https://code.google.com/p/rpostgresql/

• RSQLite - R语言SQLite数据库接口. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/RSQLite/

• RJDBC - 通过JDBC接口访问数据库. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/RJDBC/

• rmongodb - R中MongoDB驱动. 官网：https://github.com/mongosoup/rmongodb

• rredis - R中Redis驱动. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/rredis/

• RCassandra -Apache Cassanda直接接口(不是JAVA)，提供了最多的基本功能. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/RCassandra/index.html

• RHive - 通过Apache Hive的R扩展促进分布式计算. 官网：https://github.com/nexr/RHive

• RNeo4j - Neo4j图形数据库驱动. 官网：https://github.com/nicolewhite/Rneo4j

12.机器学习

• AnomalyDetection - 来自Twitter的AnomalyDetection R包. 官网：https://github.com/twitter/AnomalyDetection

• ahaz - 半参数添加风险回归的正则化. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/ahaz/index.html

• arules - 挖掘关联规则和频繁项集. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/arules/index.html

• bigrf - 大随机森林:大型数据集的分类和回归森林. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/bigrf/index.html

• bigRR - 广义回归(特殊是在p >> n情况下). 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/bigRR/index.html

• bmrm - 风险最小化方案的正规化方法. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/bmrm/index.html

• Boruta - 所有相关的特征选择算法的一个封装 . 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/Boruta/index.html

• BreakoutDetection - Breakout Detection via Robust E-Statistics from Twitter.[暂时不明真相] 官网：https://github.com/twitter/BreakoutDetection

• bst - 梯度增加. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/bst/index.html

• CausalImpact - 利用贝叶斯时间序列结构模型进行因果推断. 官网：https://github.com/google/CausalImpact

• C50 - C5.0决策树和基于规则的模型. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/C50/index.html

• caret - 分类和回归训练. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/caret/index.html

• Clever Algorithms For Machine Learning

• CORElearn - 分类、回归、特征评价和排序. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/CORElearn/index.html

• CoxBoost - Cox models by likelihood based boosting for a single survival endpoint or competing risks. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/CoxBoost/index.html

• Cubist - 规则和基于实例的回归建模. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/Cubist/index.html

• e1071 - Misc统计函数 (e1071),主要功能有类别分析、傅里叶变换,模糊聚类,支持向量机,最短路径计算,朴素贝叶斯分类器等等. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/e1071/index.html

• earth - 多元自适应回归模型. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/earth/index.html

• elasticnet - 稀疏估计和稀疏主成分分析. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/elasticnet/index.html

• ElemStatLearn - 书籍"The Elements of Statistical Learning, Data Mining, Inference, and Prediction"中的数据集,函数和例子. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/ElemStatLearn/index.html

• evtree - 全局最优树的进化学习. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/evtree/index.html

• forecast - 使用ARIMA, ETS, STLM, TBATS,和神经网络进行时间序列预测. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/forecast/index.html

• forecastHybrid - 使用"forecast"包对ARIMA, ETS, STLM, TBATS,和神经网络模型进行交叉检验. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/forecastHybrid/index.html

• FSelector - 一个基于subset-search或特性排名方法的特征选择框架. 官网：https://cran.r-project.org/web/packages/FSelector/index.html

• frbs - 使用模糊规则系统处理分类和回归的任务. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/frbs/index.html

• GAMBoost -　　基于广义线性和加法模型. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/GAMBoost/index.html

• gamboostLSS - GAMLSS方法的改善. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/gamboostLSS/index.html

• gbm - 改善广义线性模型. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/gbm/index.html

• glmnet - Lasso 和 elastic-net正规化广义线性模型. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/glmnet/index.html

• glmpath - L1 Regularization Path for Generalized Linear Models and Cox Proportional Hazards Model. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/glmpath/index.html

• GMMBoost - 广义混合模型. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/GMMBoost/index.html

• grplasso - Fitting user specified models with Group Lasso penalty. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/grplasso/index.html

• grpreg - Regularization paths for regression models with grouped covariates. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/grpreg/index.html

• h2o - Deeplearning, Random forests, GBM, KMeans, PCA, GLM. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/h2o/index.html

• hda - 异方差判别分析. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/hda/index.html

• ipred - 预测器改进. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/ipred/index.html

• kernlab - kernlab: 基于内核学习的机器实验室. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/kernlab/index.html

• klaR - 分类和可视化. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/klaR/index.html

• kohonen - 监督和非监督自组织映射. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/kohonen/

• lars - Least Angle Regression, Lasso and Forward Stagewise. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/lars/index.html

• lasso2 - L1 constrained estimation aka ‘lasso’. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/lasso2/index.html

• LiblineaR - 基于C/C++库的线性预测模型. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/LiblineaR/index.html

• lme4 - Mixed-effects models. 官网：https://github.com/lme4/lme4

• LogicReg - 逻辑回归模型. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/LogicReg/index.html

• maptree - 映射、修剪和图形树模型. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/maptree/index.html

• mboost - Model-Based Boosting. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/mboost/index.html

• Machine Learning For Hackers

• mvpart - Multivariate partitioning. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/mvpart/index.html

• MXNet - MXNet brings flexible and efficient GPU computing and state-of-art deep learning to R. 官网：https://github.com/dmlc/mxnet/tree/master/R-package

• ncvreg - Regularization paths for SCAD- and MCP-penalized regression models. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/ncvreg/index.html

• nnet - eed-forward Neural Networks and Multinomial Log-Linear Models. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/nnet/index.html

• oblique.tree - Oblique Trees for Classification Data. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/oblique.tree/index.html

• pamr - Pam: 小矩阵预测分析. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/pamr/index.html

• party - A Laboratory for Recursive Partytioning. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/party/index.html

• partykit - A Toolkit for Recursive Partytioning. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/partykit/index.html

• penalized - L1 (lasso and fused lasso) and L2 (ridge) penalized estimation in GLMs and in the Cox model. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/penalized/index.html

• penalizedLDA - Penalized classification using Fisher's linear discriminant. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/penalizedLDA/index.html

• penalizedSVM - 使用惩罚函数的特征选择支持向量机. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/penalizedSVM/index.html

• quantregForest - quantregForest: Quantile Regression Forests. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/quantregForest/index.html

• randomForest - 随机森林: Breiman and Cutler's random forests for classification and regression. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/randomForest/index.html

• randomForestSRC - randomForestSRC: Random Forests for Survival, Regression and Classification (RF-SRC). 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/randomForestSRC/index.html

• rattle - 图形界面式的数据挖掘工具. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/rattle/index.html

• rda - Shrunken Centroids Regularized Discriminant Analysis. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/rda/index.html

• rdetools - Relevant Dimension Estimation (RDE) in Feature Spaces. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/rdetools/index.html

• REEMtree - Regression Trees with Random Effects for Longitudinal (Panel) Data. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/REEMtree/index.html

• relaxo - Relaxed Lasso. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/relaxo/index.html

• rgenoud - R version of GENetic Optimization Using Derivatives. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/rgenoud/index.html

• rgp - R基因编程框架. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/rgp/index.html

• Rmalschains - 使用本地文化基因算法进行连续问题优化.[这里翻译不准]. Search Chains (MA-LS-Chains) in R. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/Rmalschains/index.html

• rminer - 在分类和回归问题中简单的使用数据挖掘方法(如神经网络和支持向量机). 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/rminer/index.html

• ROCR - 可视化评分分类器的性能. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/ROCR/index.html

• RoughSets - 使用粗糙集和模糊粗糙集理论进行数据分析. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/RoughSets/index.html

• rpart - Recursive Partitioning and Regression Trees. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/rpart/index.html

• RPMM - Recursively Partitioned Mixture Model. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/RPMM/index.html

• RSNNS - Neural Networks in R using the Stuttgart Neural Network Simulator (SNNS). 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/RSNNS/index.html

• Rsomoclu - Parallel implementation of self-organizing maps. 官网：https://cran.r-project.org/web/packages/Rsomoclu/index.html

• RWeka - Weka的R接口(Weka是基于JAVA环境下开源的机器学习以及数据挖掘软件). 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/RWeka/index.html

• RXshrink - RXshrink: Maximum Likelihood Shrinkage via Generalized Ridge or Least Angle Regression. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/RXshrink/index.html

• sda - Shrinkage Discriminant Analysis and CAT Score Variable Selection. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/sda/index.html

• SDDA - Stepwise Diagonal Discriminant Analysis. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/SDDA/index.html

• SuperLearner and subsemble - Multi-algorithm ensemble learning packages. 官网：https://github.com/ecpolley/SuperLearner

• svmpath - svmpath: the SVM Path algorithm. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/svmpath/index.html

• tgp - Bayesian treed Gaussian process models. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/tgp/index.html

• tree - 分类和回归树. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/tree/index.html

• varSelRF - 使用随机森林进行变量选择. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/varSelRF/index.html

• xgboost - eXtreme Gradient Boosting Tree model, well known for its speed and performance. 官网：https://github.com/tqchen/xgboost/tree/master/R-package

13.自然语言处理

• text2vec - 一个快速文本挖掘框架。 Fast Text Mining Framework for Vectorization and Word Embeddings. 官网：https://github.com/dselivanov/text2vec

• tm - 一个全面的文本挖掘框架. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/tm/index.html

• openNLP - Apache OpenNLP工具接口. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/openNLP/index.html

• koRpus - 一个文本分析的R包. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/koRpus/index.html

• zipfR - 词频分布统计模型. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/zipfR/index.html

• NLP - 基本自然语言处理功能. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/NLP/index.html

• LDAvis - 主题模型的交互式可视化. 官网：https://github.com/cpsievert/LDAvis

• topicmodels - Topic modeling interface to the C code developed by by David M. Blei for Topic Modeling (Latent Dirichlet Allocation (LDA), and Correlated Topics Models (CTM)). 官网：https://cran.r-project.org/web/packages/topicmodels/index.html

• syuzhet - Extracts sentiment from text using three different sentiment dictionaries. 官网：https://cran.r-project.org/web/packages/syuzhet/index.html

• SnowballC - Snowball stemmers based on the C libstemmer UTF-8 library. 官网：https://cran.rstudio.com/web/packages/SnowballC/index.html

• quanteda - 文本数据的定量分析. 官网：https://github.com/kbenoit/quanteda

• Topic Models Resources - 主题模型的学习和R相关资源. 官网：https://github.com/trinker/topicmodels_learning

• NLP for - NLP related resources in R. @Chinese. 官网：https://github.com/BZRLC/R-notes/blob/master/NLP/readme.md

14.贝叶斯

• coda - 输出MCMC(马尔可夫链蒙特卡尔理论)的分析和诊断信息. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/coda/index.html

• mcmc - 马尔可夫链蒙特卡尔理论(MCMC). 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/mcmc/index.html

• MCMCpack - 马尔可夫链蒙特卡尔理论 (MCMC). 官网：http://mcmcpack.berkeley.edu/

• R2WinBUGS - 在在R/S-PLUS中打开WinBUGS 和 OpenBUGS. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/R2WinBUGS/index.html

• BRugs - OpenBUGS MCMC 软件的R接口. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/BRugs/index.html

• rjags - JAGS MCMC组件的R接口. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/rjags/index.html

• rstan - Stan MCMC软件的R接口. 官网：http://mc-stan.org/interfaces/rstan.html

15.最优化

• minqa - Derivative-free optimization algorithms by quadratic approximation. 官网：https://cran.rstudio.com/web/packages/minqa/index.html

• nloptr - 一个免费开源的非线性最优化程序包. 官网：https://cran.rstudio.com/web/packages/nloptr/index.html

• lpSolve - Lp_solve解决线性和整形问题的R接口. 官网：https://cran.rstudio.com/web/packages/lpSolve/index.html

16.金融

• quantmod - 定量金融模型和交易框架. 官网：http://www.quantmod.com/

• TTR - 技术交易规相关的数据和功能函数. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/TTR/index.html

• PerformanceAnalytics - 计量经济学性能和风险分析工具. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/PerformanceAnalytics/index.html

• zoo - S3 Infrastructure for Regular and Irregular Time Series. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/zoo/index.html

• xts - 可扩展的时间序列. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/xts/index.html

• tseries - 金融时间序列分析和计算. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/tseries/index.html

• fAssets - 金融资产分析和建模. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/fAssets/index.html

17.生物信息学

• Bioconductor - 用于分析和理解高通量基因组数据的工具. 官网：http://www.bioconductor.org/

• genetics - 处理基因数据的R包. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/genetics/index.html

• gap - 一个人口家庭遗传数据分析的综合工具. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/gap/index.html

• ape - 分子系统学和进化分析. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/ape/index.html

• pheatmap - 一个使用简单的热图工具. 官网：http://cran.r-project.org/web/packages/pheatmap/index.html

• ddpcr - Analysis and visualization of Droplet Digital PCR data. 官网：https://github.com/daattali/ddpcr

18.网络分析

• Network Analysis List - 网络分析相关资源. 官网：https://github.com/briatte/awesome-network-analysis

• igraph - 一个网络分析工具集合. 官网：http://igraph.org/r/

• network - 一个操作数据关系的基本工具. 官网：https://cran.r-project.org/web/packages/network/index.html

• sna - 基本的网络测量和可视化工具. 官网：https://cran.r-project.org/web/packages/sna/index.html

• netdiffuseR - 网络扩散的分析工具. 官网：https://github.com/USCCANA/netdiffuseR

• networkDynamic - 支持动态和时序网络. 官网：https://cran.r-project.org/web/packages/networkDynamic/

• ndtv - 构建动画的可视化动态网络工具,支持多种数据格式. 官网：https://cran.r-project.org/web/packages/ndtv/

• statnet - 大量网络数据的分析,仿真和可视化工具. 官网：http://statnet.org/

• ergm - 指数随机图模型. 官网：https://cran.r-project.org/web/packages/ergm/index.html

• latentnet - Latent position and cluster models for network objects. 官网：https://cran.r-project.org/web/packages/latentnet/index.html

• tnet - Network measures for weighted, two-mode and longitudinal networks. 官网：https://cran.r-project.org/web/packages/tnet/index.html

• rgexf - 从R导出网络对象到GEXF, for manipulation with network software like Gephi or Sigma. 官网：https://bitbucket.org/gvegayon/rgexf/wiki/Home

• visNetwork - 使用vis.js类库进行网络可视化. 官网：https://github.com/datastorm-open/visNetwork

19.R 开发

• Package Development List - 提高整体开发能力的包. 官网：https://github.com/ropensci/PackageDevelopment

• devtools - 然R开发人员的生活变得更简单的工具. 官网：https://github.com/hadley/devtools

• testthat - 一个R包测试工具. 官网：https://github.com/hadley/testthat

• R6 - simpler, faster, lighter-weight alternative to R's built-in classes. 官网：https://github.com/wch/R6

• pryr - Make it easier to understand what's going on in R. 官网：https://github.com/hadley/pryr

• roxygen - 在函数定义中描述说明. 官网：https://github.com/klutometis/roxygen

• lineprof - R中在线分析结果可视化. 官网：https://github.com/hadley/lineprof

• packrat - 让R项目更加简单,便携和可重构的工具. 官网：https://github.com/rstudio/packrat

• installr - R中按照软件的相关函数(Windows平台). 官网：https://github.com/talgalili/installr/

• import - R的导入机制. 官网：https://github.com/smbache/import/

• modules - 另外一个R模块系统(Python风格). 官网：https://github.com/klmr/modules

• Rocker - R configurations for Docker. 官网：https://github.com/rocker-org

• RStudio Addins - RStudio插件列表. 官网：https://github.com/daattali/rstudio-addins

• drat - Creation and use of R repositories on 使用R在GitHub或其他平台创建和使用仓储. 官网：https://github.com/eddelbuettel/drat

• covr - Test coverage for your R package and (optionally) upload the results to coverallsor codecov. 官网：https://github.com/jimhester/covr

• lintr - R静态代码分析. 官网：https://github.com/jimhester/lintr

• staticdocs - 为一个R包生成静态html文档. 官网：https://github.com/hadley/staticdocs

20.日志

• futile.logger - R中类似log4j的日志记录包. 官网：https://github.com/zatonovo/futile.logger

• log4r - R中的log4j接口. 官网：https://github.com/johnmyleswhite/log4r

• logging - 一个在R中实现log4j的日志处理包. 官网：https://cran.r-project.org/web/packages/logging/index.html

21.数据包

• engsoccerdata - 英国和欧洲联赛结果数据(1871-2016年). 官网：https://github.com/jalapic/engsoccerdata

• gapminder - 从Gapminder摘录的数据集. 官网：http://github.com/jennybc/gapminder

22.其他工具

• git2r - 在R中使用git. 官网：https://github.com/ropensci/git2r

23.其他编译器

• CXXR - Refactorising R into C++. 官网：https://www.cs.kent.ac.uk/projects/cxxr/

• fastR - FastR is an implementation of the R Language in Java atop Truffle and Graal. 官网：https://bitbucket.org/allr/fastr/wiki/Home

• incanter - Clojure-based, R-like statistical computing and graphics environment for the JVM with Lisp spirit. 官网：https://github.com/incanter/incanter

• pqR - 一个更快的R实现. 官网：http://www.pqr-project.org/

• renjin - 一个基于JVM的R编译器. 官网：http://www.renjin.org/

• rho - Refactor the interpreter of the R language into a fully-compatible, efficient, VM for R. 官网：https://github.com/rho-devel/rho

• riposte - 一个R快速编译和JIT工具. 官网：https://github.com/jtalbot/riposte

• RRO - R革命性开放平台(Microsoft R Open). 官网：https://mran.revolutionanalytics.com/open/

• TERR - R的TIBCO企业运行环境. 官网：http://spotfire.tibco.com/discover-spotfire/what-does-spotfire-do/predictive-analytics/tibco-enterprise-runtime-for-r-terr

24.R学习

• swirl - 一个在R控制台中交互式学习指南. 官网：http://swirlstats.com/

• DataScienceR - 一个数据科学,神经网络,和机器学习的指南. 官网：https://github.com/ujjwalkarn/DataScienceR

25.资源

25.1 网站

• R-project - R 项目的官方网站. 官网：http://www.r-project.org/

• R Bloggers - R语言的一个综合性博客网站. 官网：http://www.r-bloggers.com/

• DataCamp - 在线学习R数据分析. 官网：https://www.datacamp.com/

• Quick-R - 一个非常好的快速参考手册. 官网：http://www.statmethods.net/

• Advanced R - 书籍高级R编程的在线版. 官网：http://adv-r.had.co.nz/

• Efficient R Programming - 书籍"Efficient R Programming"的在线主页. 官网：https://csgillespie.github.io/efficientR/

• CRAN Task Views - CRAN包的任务列表. 官网：http://cran.r-project.org/web/views/

• The R Programming Wikibook - 一个R协作手册 官网：https://en.wikibooks.org/wiki/R_Programming

• R-users - R语言的求职板块. 官网：https://www.r-users.com/

• R Cookbook - 一个R问答网站,由[R Graphics Cookbook]进行支持(http://shop.oreilly.com/product/0636920023135.do). 官网：http://www.cookbook-r.com/

• tryR - 快速开始使用R. 官网：http://tryr.codeschool.com/

• RDocumentation - 使用RDocumentation搜索所有的CRAN, Bioconductor, Github包和文档. 官网：https://www.rdocumentation.org/

25.2 书籍

• R Books List - R相关书籍清单. 官网：https://github.com/RomanTsegelskyi/rbooks

• The Art of R Programming - 一个很好的资源,可以系统地学习基础类型的对象,控制语句,变量的范围,以及调试等. 官网：http://shop.oreilly.com/product/9781593273842.do

• Free Books - CRAN贡献的多种语言文档. Contributed Documentation in many languages. 官网：https://cran.r-project.org/other-docs.html

• R Cookbook - 快速简单的介绍R及相关常见的统计任务. 官网：http://shop.oreilly.com/product/9780596809164.do

• Johns Hopkins编写的数据科学专业的一部分教程:

• Exploratory Data Analysis with R - 基本的各种数据分析技能. * R Programming for Data Science - 依赖于R的一些高级数据分析. * Report Writing for Data Science in R - R语言的报表生成和可重用组件研究. 官网：https://leanpub.com/exdata

• R Packages - 一个用R包编写的书籍 (有论文和网站2钟格式). 官网：http://r-pkgs.had.co.nz/

• R in Action - 一本旨在帮助所有级别R用户的书籍. 官网：http://www.manning.com/kabacoff2/

• Use R! - This series of inexpensive and focused books from Springer publish shorter books aimed at practitioners. Books can discuss the use of R in a particular subject area, such as Bayesian networks, ggplot2 and Rcpp. 官网：http://www.springer.com/series/6991?detailsPage=titles

• R for SAS and SPSS users - 一个对已经熟悉SAS和SPASS用户的资源库. 官网：http://r4stats.com/books/free-version/

• An Introduction to R - 一个很好的介绍R的文章,也涵盖了一些高级主题. 官网：https://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf

• Introduction to Statistical Learning with Application in R - A simplified and "operational" version of The Elements of Statistical Learning. Free softcopy provided by its authors. 官网：http://www-bcf.usc.edu/~gareth/ISL/

• The R Inferno - Patrick Burns gives insight into R's ins and outs along with its quirks! 官网：http://www.burns-stat.com/pages/Tutor/R_inferno.pdf

• R for Data Science - Free book from RStudio developers with emphasis on data science workflow. 官网：http://r4ds.had.co.nz/

25.3 博客

• Not So Standard Deviations - 数据科学博客

• @Roger Peng and @Hilary Parker.

• R World News - R行业的社区新闻,可以让你与时俱进.
  

• @Bob Rudis and @Jay Jacobs.

• The R-Podcast - 使用R的一些实践建议.

• @Eric Nantz.

• R Talk - 关于R语言和统计软件的新闻和讨论.

• @Oliver Keyes, @Jasmine Dumas, @Ted Hart and @Mikhail Popov.

25.4 参考文献

• R Reference Card 2.0 - Material from R for Beginners by permission of Emmanuel Paradis (Version 2 by Matt Baggott). 官网：http://cran.r-project.org/doc/contrib/Baggott-refcard-v2.pdf

• Regression Analysis Refcard - R Reference Card for Regression Analysis. 官网：http://cran.r-project.org/doc/contrib/Ricci-refcard-regression.pdf

• Reference Card for ESS - Reference Card for ESS. 官网：http://ess.r-project.org/refcard.pdf

• R Markdown Cheat sheet - Quick reference guide for writing reports with R Markdown. 官网：http://shiny.rstudio.com/images/rm-cheatsheet.pdf.zip

• Shiny Cheat sheet - Quick reference guide for building Shiny apps. 官网：http://shiny.rstudio.com/images/cheatsheet.pdf.zip

• ggplot2 Cheat sheet - Quick reference guide for data visualisation with ggplot2. 官网：https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/08/ggplot2-cheatsheet.pdf

• devtools Cheat sheet - Quick reference guide to package development in R. 官网：https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/06/devtools-cheatsheet.pdf

25.5 网络课程

• The Analytics Edge - Hands-on introduction to data analysis with R from MITx. 官网：https://www.edx.org/course/analytics-edge-mitx-15-071x-0

• Johns Hopkins University Data Science Specialization - 9 courses including: Introduction to R, literate analysis tools, Shiny and some more. 官网：https://www.coursera.org/specialization/jhudatascience/1

• HarvardX Biomedical Data Science - Introduction to R for the Life Sciences. 官网：http://simplystatistics.org/2014/11/25/harvardx-biomedical-data-science-open-online-training-curriculum-launches-on-january-19/

• Explore Statistics with R - Covers introduction, data handling and statistical analysis in R. 官网：https://www.edx.org/course/explore-statistics-r-kix-kiexplorx-0

25.6 列表

• Books - R书籍清单. 官网：https://github.com/RomanTsegelskyi/rbooks

• DataScienceR - R数据科学、神经网络和机器学习的指南清单. 官网：https://github.com/ujjwalkarn/DataScienceR

• ggplot2 Extensions - ggplot2扩展案例. 官网：https://ggplot2-exts.github.io/ggiraph.html

• Natural Language Processing - R. @Chinese中NLP 相关资源. 官网：https://github.com/BZRLC/R-notes/blob/master/NLP/readme.md

• Network Analysis - 网络分析相关资源. 官网：https://github.com/briatte/awesome-network-analysis

• Open Data - 使用R获取,转换,操作,创建和贡献数据. 官网：https://github.com/ropensci/opendata

• Posts - 创建R博客或者文章. 官网：https://github.com/qinwf/awesome-R/blob/master/posts.md

• Package Development - 提高包开发的资源工具. 官网：https://github.com/ropensci/PackageDevelopment

• R Project Conferences - 使用R的相关信息,DSC会议. 官网：https://www.r-project.org/conferences.html

• RStartHere - 一些非常有用的R包指南. 官网：https://github.com/rstudio/RStartHere

• RStudio Addins - RStudio插件清单. 官网：https://github.com/daattali/addinslist

• Topic Models - 主题模型的学习和R相关资源. 官网：https://github.com/trinker/topicmodels_learning

• Web Technologies - 如何使用R和万维网的信息. 官网：https://github.com/ropensci/webservices