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TeloBase--端粒motifs数据库

已有 1556 次阅读 2023-8-22 16:46 |个人分类:生物科技|系统分类:科研笔记

Telomere motifs(端粒基序)是构成端粒的DNA序列重复单元,是指位于端粒上的特定DNA序列。我们可以把motifs称为基序,就是DNA基本序列的意思。端粒是染色体的末端结构,具有保护染色体免受损伤和免于不稳定性的重要功能。端粒motifs通常由一些具有重复序列的核苷酸组成,如"TTAGGG"在人类中最常见。端粒motifs的存在与染色体的稳定性和细胞的生存能力有关。

近十年来发现,端粒motifs在自然界中具有意想不到的多样性。然而,目前可用的数据资源,如: "端粒酶数据库 "和"植物 rDNA 数据库"等,只包含几十年来端粒研究领域发表的部分文献的资料,而且这些研究的主要关注点并不相同,更新也有限。为了填补这一空白,捷克马萨里克大学的研究人员利用谷歌学术(Google Scholar)进行了文献筛选,并分析了NCBI中公开可用的测序NGS数据集,以确定已知和预测的端粒motifs,在此基础上,创建了端粒motifs多样性的综合数据库(TeloBase,http://cfb.ceitec. muni.cz/ telobase/),汇集了端粒DNA序列的数据,收录了9000多个物种的端粒motifs相关资料。

TeloBase是一个使用流行的在线分类资源进行内部分类的数据库,可以在数据库内部进行数据过滤和使端粒DNA进化动态的图形可视化,以热树图的形式呈现。TeloBase通过一个简单的表格和社区认证系统,用来处理用户的申请和批准提交的新端粒序列,从而避免了未来数据更新对管理员的过度依赖,确保了数据库的及时性。

为了证明 TeloBase 的实用性,研究人员检查了曲霉(Aspergillus)中端粒的多样性,发现taichungensis曲霉中的(TAATTAGGG)n motif和 transcarpathicus曲霉中的(TTATTAGGG)n motif是新发现的端粒motifs。在热带木本植物家族中也发现了一个新的端粒候选序列 (TTTATTAGGG)n。新的端粒motifs可以通过注册用户的同行评审后,添加到 TeloBase 中,有问题的条目可以报告给管理员。TeloBase 允许对数据进行交互式操作和可视化处理,并且可以简单地提交申请和经TeloBase社区审核新的条目。TeloBase将成为未来关于端粒motifs多样性和端粒进化的可靠和可行的信息来源。

端粒DNA motifs的多样性研究对于理解物种间的遗传差异以及深入认识端粒的结构和功能具有重要意义。不同的端粒motifs可能影响端粒的稳定性和功能,进而影响生物体的寿命和遗传稳定性。因此,研究端粒模式的多样性可以提供关于物种间差异的信息,并有助于进一步揭示端粒的生物学意义。

TeloBase: a community-curated database of telomere sequences across the tree of life.                                                                                                 Nucleic Acids Research August 14,2023

 




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