对于接受了NGS检测的患者，优先为其选择合适的靶向治疗方案和确定这些方案在临床使用中的先后次序，是肿瘤医生首先要考虑的主要问题。具体问题包括: (1) 在存在有多个可以操作的基因突变的情况下，针对不同的突变基因，应该优先选择哪个靶向治疗方案; (2) 在考虑标准的全身治疗方案作为靶向治疗替代方案之前，应该首先确定最合适的靶向治疗方案。当NGS检测识别出一种或多种可作为治疗靶点的基因突变时，就需要在多种可用的靶向治疗方案中做出优先选择。在这种情况下，对每个基因突变能导致的不同生物学效应的证据水平，进行量化比较和评估是解决这个问题的重要方法。在这方面，已经提出了几种对基因突变的证据水平进行量化的算法，这些算法可见于: Precision Oncology Decision Support；OncoKB；Association for Molecular Pathology；NCI MATCH (National Cancer Institute-Molecular Analysis for Therapy Choice)；ESCAT等网站资源和其他公开发表的文献等。其他能促进不同算法之间互动运算的可操作性，以及将等位基因频率和拷贝数等变量整合进入运算的一些工具也有公开发表（Zeng J, et al. JCO Clin Cancer Inform. 2019;3:1-12）。

 对于评估NGS基因变异的临床意义，已经开发了几种评估基因变异匹配靶向药物的可操作性分类系统。普遍使用的是北美（ACMG/AMP）的4层次分类系统（表1）或欧洲（ESCAT/ESMO）6层次分类系统（表2）。

 如果在同一个驱动基因中检测到多个基因突变，就需要根据所有突变基因能引发肿瘤生物学功能改变的潜在后果，来给患者量身定制和选择最佳治疗方案。显然，多个基因突变引起多条信号传递途径之间的交叉对话，增加了额外层次解读基因突变所引起的生物学效应的复杂性。在驱动基因多重突变的情况下，多条信号通路之间的相互作用可能会产生相互代偿的效应，因而可能减弱和抵消靶向抗癌药物的疗效。随着NGS技术的进展，对于针对多个驱动基因突变相互作用的研究开始受到重视，主要热点在于如何扩大有效利用多重基因突变效应的可操作性，扩大靶向治疗的范围和疗效。目前，NGS检测识别出的许多癌症基因突变，常常会涉及到还未获批准的药物，或者尚未研制出针对这些突变基因的靶向药物。因此，当前癌症基因组学的信息和数据存量，显然超过了我们对现有临床靶向治疗的认知和使用的程度。

总之，在检索广泛NGS检测已获取的海量数据和信息中，能够用于指导临床选择用药，为患者做出治疗决策的可用信息还仅是其中的一部分。目前，只有少数NGS检测到的基因突变能够匹配到已获准使用的靶向药物，或至少能匹配到在某种特定癌症中有早期疗效数据的相应药物。因此，在能够开展前期临床试验的学术型癌症中心以外的医疗单位，进行非常广谱和常规的NGS检测，其临床的实用价值，值得谨慎考虑和权衡，尤其需要由肿瘤医生对患者本人的具体需求进行认真的评估，如果该患者适合入组早期临床试验治疗，就应该征求患者的意愿，尽量动员去癌症中心参加适合患者的临床试验治疗。

 NGS检测无论是对癌症前期的一线治疗方案的选择。还是在疾病发展后期选择尚可利用的治疗方案，都已经成为许多晚期癌症患者寻求有效治疗的标准做法。许多学术癌症中心已经建立了自己的NGS平台，与此同时，越来越多的商业机构也在提供NGS的检测服务。目前在生物信息学水平上对NGS数据解读仍具有挑战性，通常临床医生会得到一份NGS检测的摘要报告（NGS报告示范图1-2），其中总结了最重要检测结果，基因变异相关分类，和与临床密切相关的信息。

示范1.采用的是四级分层系统，分别对KRAS，TP53和SMARCA属于3个不同等级的基因变异具体位点，特征和丰度进行了分类描述和简要解读，其他细节在不同页面也给与描述。示范2.采用的是六级分层系统。对标本采集：活检，肿瘤细胞含量：70%，检测材料：DNA/RNA，参照基因组: GRCh37 (hg19)，基因panel：Oncomine^TM ，检测设备： Ion Torrent S5 platform (ThermoFisher)，数据分析：Ion Reporter Software，使用数据库：dsSNP，1000 Genomes，ClinVar，COSMIC，OncoKB等分别进行了说明。检测到的EGFR基因变异位点分别为：P.L858R (c.2573T>G)和P.T790M (c.2369C>T)，参照序列：NM_005228.4，变异基因频率分别为：69%和38%，报告也标明了可以匹配的靶向药物。对检测到的MET基因扩增的拷贝数（17）和匹配的靶向药物也给与了简要说明。示范2中的基因变异都属于第1层次可以匹配靶向药物的基因突变。

对于NGS报告应该遵循什么样的标准，已经有过广泛的讨论。要点是要对NGS检出的信息做出简单和直接的总结，包括：如何处理意义不明的基因变异（VUS）？当检测到多重基因组改变时，如何解读这些基因突变相互作用的后果？如何促进把某个已确定的基因突变与某些有特定抗肿瘤作用的药物联系起来？或者把发生这些基因变异的患者恰当地入组到相关临床试验之中。

专家建议NGS报告应该提供的最简要内容可参阅表3。对于NGS报告的解释，肿瘤医生需要对报告中使用的术语（表4.列举了部分分子遗传学术语）有个基本的了解，这会对NGS报告的解读有所帮助。NGS报告应对检测的实际内容给与详细的说明，对于基因变异的阴性结果，如果医生提出要求，也要给与详尽的说明。NGS也可以以特定疾病的方式提交报告（例如：结直肠癌的KRAS、NRAS 和BRAF基因变异状态等）。NGS方法学细节应在单独章节中加以说明，包括对检测过程的描述，测序仪性能特点，检测限度和最小测序覆盖深度，检测运行和分析管道的关键质量指标等。NGS报告中还应包括测序覆盖范围的截止值，说明所有未能达到测序涵盖指标最低要求的测试基因和热点等。

肿瘤医生应该了解提供NGS检测和报告的实验室或公司使用和查询的是哪些数据库，并且有能力使用这些常用的数据库，以便了解NGS报告中发现的基因变异有什么重要的生物学意义。此外，对致病基因的检测（如BRCA1），不仅是要考虑该基因变异的临床意义，也提供了作为一种遗传性癌症综合征的线索，患者可以进而寻求遗传咨询, 做必要的胚系（germline）基因检测。

 NGS技术在指导癌症靶向治疗的临床应用越来越多，不仅给肿瘤医生带来了越来越多的帮助，也意味着需要应对目前分析解读技术局限性的更多挑战。分子肿瘤学专业人员的关键任务之一是标准化NGS结果的解析和报告。基因变异的报告应遵循标准命名法，除了明确描述测试方法和局限性之外，临床建议应简明扼要，并尽可能与癌症组织学和临床表现相联系。此外，以NGS技术为主导的癌症基因组学是一个快速发展的领域，因此，持续性不断重新评估任何基因变异在癌症诊断，治疗，预后中的临床意义是今后非常重要的工作。

                                                     周艳  阎影