做芯片或测序相关实验，发表文章有时需将数据上传至GEO，获得相应的ID号。

那如何上传呢？

今天在这里给大家整理了一份操作指南。

1st GEO简介

GEO，Gene Expression Omnibus的简称，是NCBI旗下的一个分支数据库，其主要存储高通量功能基因组学数据，如芯片和测序的数据。GEO分为GEO DataSets数据库和GEO Profiles数据库，GEO DataSets 收录整个试验的数据，GEO Profiles则收录一个基因在一次试验中的定量表达数据。

接受数据类型：原始数据或者经过处理的数据（符合“有关芯片试验的最小信息（minimum information about a microarray experiment，MIAME）”标准）
存储数据格式：web格式、spreadsheets格式、XML格式和纯文本格式


2nd 上传步骤
那具体如何上传呢？
很简单，准备三样东西即可，注册一个上传的账号，在GEO上下载一份信息填写模板，最后将表格和你的原始数据打包上传即可，流程图如下：

下面我们来看看具体如何操作。

1登录或注册NCBI账号

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
NCBI支持第三方账号登陆，可用google或NIH账号等。

2 获取GEO account

上传数据除了NCBI账号，还需另外获取一个GEO account。若3个月之内没有数据上传，则GEO账号会被删除。
登陆GEO数据库，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/，在上传者信息板块中点击登陆，填写相关信息，获取GEO账号。

默认数据上传者和注册者为同一个人，若不是，可将上传者的信息填于右侧信息栏中。

3下载信息表格模板

登陆账号后，上传者信息栏如下所示，点击上传指南进入上传界面。

上传界面如下所示，若首次上传，可在GEOarchive下的complete instructions中查看上传所需文档的详细解释。
根据自己试验平台在数据类型中选择相应类型，如点击Affymetrix进入affy芯片提交指南。

Affy芯片提交界面如下图所示，第一个红框中列出了上传所需要的文件列表，matadata表， processed表（matrix表）及CEL格式的原始数据。

matadata表和matrix表是表格中的两个子表，在下方即可下载，但需根据芯片类型选择相应的表格。

4 表格填写

信息表格填写是最重要也是最费时的一步，GEO为方便广大用户，每一栏都有相应的注释信息，并在后面附有示例表格作为参考。
metadata表，主要填写跟文章相关的样本信息和实验信息。matrix表，将项目中归一化数据复制粘贴进去即可。

metadata表

matrix表

在metadata表中的sample板块，填写芯片名字或GEO platform ID可回到GEOarchive界面的complete instructions中进行查找。

平台信息

5打包上传

将填好的表格和原始数据打包，重命名进行上传，选择上传类型及数据公开时间。

6 审核

上传成功或者数据有问题GEO都会以邮件的形式进行通知。一般约2,3个工作日，经审核数据没有问题，GEO会以邮件形式通知数据的GSM（实验样本编号）、GSE（研究项目编号）。

如何让GEO尽快发布数据，还有一个小窍门，戳原文获取。