研究生期间经常做系统树,但在自己电脑上跑树真心种种苦逼,有朋友推荐在线服务器,由于思想懒惰没及时运用省时省力的服务器跑树,最近才尝到在线的甜头,于是,记录在这里,以便日后用时查找。
1. T-REX (Tree and reticulogram REConstruction)
Boc, A., Diallo, Alpha B. and Makarenkov, V. (2012), T-REX: a web server for inferring, validating and visualizing phylogenetic trees and networks, Nucleic Acids Research, 40(W1), W573-W579.
TREX非常直观的展示几种方法对应的不同软件,个人很喜欢这点。当然在网页上还可以找到其他的一些不错的在线服务器。这个是最近保君推荐给我的,真心不错。
2. CIPRES
Miller, M.A., Pfeiffer, W., and Schwartz, T. (2010) "Creating the CIPRES Science Gateway for inference of large phylogenetic trees" in Proceedings of the Gateway Computing Environments Workshop (GCE), 14 Nov. 2010, New Orleans, LA pp 1 - 8.
CIPRES很多做植物的朋友推荐的,确实很好用,最近一直用这个。
https://blog.sciencenet.cn/blog-3196608-1020541.html
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和发nature & science的大牛间隔着是什么?