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Molecular Biology and Evolution:水稻基因表达的有害突变和罕见等位基因负荷

已有 1295 次阅读 2022-9-20 22:12 |个人分类:每日摘要|系统分类:论文交流

Deleterious mutations and the rare allele burden on rice gene expression

第一作者Zoe Lye

第一单位纽约大学

通讯作者Michael D Purugganan

 Abstract 

背景回顾:Deleterious genetic variation is maintained in populations at low frequencies. Under a model of stabilizing selection, rare (and presumably deleterious) genetic variants are associated with increase or decrease in gene expression from some intermediate optimum


主要研究We investigate this phenomenon in a population of largely O. sativa ssp. indica rice landraces under normal unstressed wet and stressful drought field conditions


结果1We include single nucleotide polymorphisms, insertion/deletion mutations and structural variants in our analysis and find a stronger association between rare variants and gene expression outliers under the stress condition. 


结果2We also show an association of the strength of this rare variant effect with linkage, gene expression levels, network connectivity, local recombination rate, and fitness consequence scores, consistent with the stabilizing selection model of gene expression.


 摘 要 

有害遗传变异在种群中保持在较低的频率。在一个稳定选择模型下,罕见的(可能是有害的)遗传变异与某些处于中间类型最优基因表达的增加或减少有关。作者基于一个籼稻地方品种种群调查了该现象,该种群一半处于正常的非胁迫湿润条件下,另外一半处于干旱胁迫的田间条件下。作者在分析中包含了单核苷酸多态性、插入/缺失突变和结构变异,结果发现在胁迫条件下罕见变异和基因表达异常之间存在更强的关联。作者还发现这种罕见变异效应的强度与连锁、基因表达水平、网络连通性、局部区域重组率以及适应度结果得分之间存在关联,这与基因表达的稳定选择模型一致。


p.s. Stabilizing selection,稳定选择:处于中间类型的性状特征得以保留,而处于两个极端的性状特征更易被淘汰。




** Michael D. Purugganan **


个人简介:

1985年,菲律宾大学,化学学士;

1986年,哥伦比亚大学,化学硕士;

1993年,佐治亚大学,植物学博士。


研究方向

1. 植物适应性演化和生态基因组学;

2. 植物驯化遗传学;

3. 多细胞性和社会行为演化。


doi: https://doi.org/10.1093/molbev/msac193


Journal: Molecular Biology and Evolution

Published date: September 08, 2022


Cite:
Zoe Lye, Jae Young Choi, Michael D Purugganan. Deleterious mutations and the rare allele burden on rice gene expression. Molecular Biology and Evolution, 2022. DOI: https://doi.org/10.1093/molbev/msac193




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