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New Phytologist:植物性别决定研究数据库

已有 2136 次阅读 2020-6-5 07:46 |个人分类:每日摘要|系统分类:论文交流

Sex‐chrom, a database on plant sex chromosomes

第一作者Simona Baránková

第一单位西班牙巴塞罗那植物研究所

通讯作者Sònia Garcia


 Abstract 


背景回顾Sex determination and sex chromosomes have been studied extensively owing to their importance in evolutionary biology. Species of dioecious plants, which may have sex chromosomes, offer us unique insights into the history of this phenomenon across the Tree of Life.


主要工作:Here, we present Sex‐chrom: a database on plant sex chromosomes (www.sexchrom.csic.es), which aims to provide an easily accessible and organized information source for scientists and a general audience interested in this field.


基础模块:Basic data such as complete taxonomic classification of the species, chromosome number, genome size (2C), ploidy level, sex determination mechanism, presence of homomorphic or heteromorphic sex chromosomes and their corresponding sources are readily available for 178 species of 84 genera and 65 families.


升级模块:Besides, the database contains specific sections for 10 selected model systems in plant sex chromosome research such as Silene latifolia and Rumex acetosa. In these sections, more detailed information also is available, including data on sex‐linked genes, transposable elements or tandemly repeated DNA present in sex chromosomes.


数据来源:Data have been extracted from 431 sources published between 1919 and 2020.


 摘  要 


由于性别决定和性染色体的重要性,在演化生物学中对其已经进行了广泛而又深入的研究。雌雄异株的植物物种很有可能具备了性染色体,为我们提供了一个很好的研究生命之树中生物性染色体演化历史的平台。本文中,作者构建了一个用于植物性染色体查询的在线数据库,叫做Sex‐chrom,该数据库旨在为对这一领域感兴趣的研究者和普通大众提供一个易于访问且有组织的信息资源。该数据库囊括了65个科、84个属的178个植物物种的信息,包括物种分类、染色体数量、基因组大小、倍性、性别决定机制、同型或异型性染色体以及对应的来源等信息。此外,该数据库还包含了10对植物新染色体研究模式物种的特别区块,包括叉枝蝇子草(Silene latifolia)和酸模(Rumex acetosa)。在这些区块中,会包含更多的信息,包括性别连锁基因、性染色体上的转座元件或者串联重复DNA等。该数据库所有的信息提取自1919年到2020年发表的431个可公开获取的来源。



doi: 10.1111/nph.16635


Journal: New Phytologist

First Published: May 01, 2020


p.s. 往期植物性别决定相关研究链接:




https://blog.sciencenet.cn/blog-3158122-1236506.html

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