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什么是文库制备? 在待测片段两端连接特定接头从而使其符合测序平台要求的过程。 Illumina 芯片 Flowcell(流动池)是有着8个lane(泳道)的玻璃板,每个lane可以测一个样本或者多样本的混合物,且随机布满了能够与文库两端接头分别互补配对或一致的寡核苷酸(oligos,P7和P5接头),一个lane包含两列,每一列有60个tile(每条lane有120个格子),每个tile有很多个凹坑,会种下不同的cluster(蔟),每个tile在一次循环中会拍照4次(每种碱基一次),一次反应cycle在每条lane拍120张照片。 Illumina 文库:基于TA连接 P5/P7:和芯片上的oligos(P5‘/P7’)可以互补,目的是让文库接到芯片上。 Index:标签,也叫Barcode,因为一个lane可以同时测多个样品,给每个样本带个帽子,测序后可以区分谁是谁的。 接头连接:利用TA克隆在DNA片段两端加上能够与测序仪配合的接头序列。 DNA建库流程:DNA片段化、接头连接、连接产物纯化、PCR扩增、扩增产物纯化、文库长度分选 片段化 由于目前市场中NGS测序仪的测序长度通常在 150-550bp 之间,因此需要使用机械打断或酶切打断的方法将大片段基因组DNA片段化为小片段的DNA。片段化酶是随机内切酶,不受特定酶切位点的限制,随机切割对应模板DNA,片段化的产物属于粘性末端,后续需要进行末端修复。 酶切形成两条单链末端时,产生末端的核苷酸顺序不是平齐的,称为粘性末端;产生核苷酸顺序平齐的末端,则称为平末端。
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