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群体遗传结构分析软件系列（4）

已有 3105 次阅读 2021-12-23 17:15 |系统分类:博客资讯

群体遗传结构:是指群体中存在分层的现象，即在群体中存在多个亚群。亚群的混合会增加群体的复杂程度，使得对遗传连锁不平衡的评估偏高。因此，在基于连锁不平衡进行定位的关联分析中，需要对群体结构进行分析，将其作为协方差，校正群体分层造成的假阳性关联结果。

翼和生物往期文章介绍了群体遗传结构分析软件，在Q-plot绘制过程中，应用最为广泛的软件是Distruct1.1。该软件对图中亚群标注非常方便。一起来看一下这款软件的使用方法。

所需文件列表

文件格式转换技巧

有些老师看到这一个个奇怪的文件后缀就眼晕，其实很简单，将数据保存在txt文件中，然后将文件扩展名修改为需要的后缀就可以了。需要注意的是，文件夹选项（文件查看文件扩展名）是否选择了显示文件后缀。有的老师修改了文件后缀也无法运行，这是因为文件夹选项未选择显示文件后缀，实际上只是修改了文件名，文件仍然是txt文件，所以软件仍然无法运行。

个体Q矩阵：***.indivq文件

***.indivq文件是Clumpp2.0软件合并后的Q矩阵，可以直接将outfile文件的后缀修改为indivq即可。第1列数字编号，第2列样本编号，第3列基因型数据中缺失标记数，第4列亚群编号（例图中629、50等），第5列为“:”（注意冒号的格式为英文输入法下的:），第6列以后为样本对应各亚群的Q值矩阵。平时查看文件内容可以用写字板打开。

个体根据种群（预设群体、品种/品系）的代码自动分组归类，图中个体从左到右的顺序与输入文件中个体的从上到下的顺序相同。

群体Q值文件：***.popq文件

Popq文件每行代表一个预设群体的信息，第一列数字编号为预设群体的数字代码，其后是一列冒号。请注意冒号格式，需要英文输入法的冒号，请不要在中文状态下输入冒号！最后一列为预设群体的个体数目。冒号和最后一列之间为cluster1—clusterK的群体Q值，为对应cluster的群体内个体Q值的均值。可excel进行格式整理，另存为txt格式文件，然后再将文件后缀改为.popq。

预设群体标注文件：***.languages和***.names

这两个文件可以对Q plot进行预设群体（population）的标注。***.languages中的标注信息会显示在图片上方；***.names中的标注会显示在图片下方。通常预设群体的编号名称显示在图片下方，对预设群体的注释信息显示在图片上方。例图中的50、51、57等均为预设群体数字编号。如果没有预设群体，这两个文件可以省略。

Drawparams文件中，如果将print label below/atop设置为1，程序将搜索infile label below/atop指定的文件（***.names/***.languages）。默认值是将群体代码（编号）打印为标签。如果找到该文件（***.names/***.languages），文件行上的群体的输入顺序将用于群体图形的左右顺序。如果图形上下都需要标注，请将两个文件的群体输入顺序保持一致。