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队列样本目标区域甲基化重测序-WGBS后的正确打开方式

已有 2136 次阅读 2021-10-9 13:44 |系统分类:博客资讯

表观遗传学(epigenetics)是目前分子生物学研究的热点之一，DNA甲基化是表观遗传学的重要内容，是基因组DNA的主要表观遗传修饰形式之一。DNA甲基化修饰对于维持正常细胞功能、传递基因组遗传印记、胚胎发育、衰老以及人类肿瘤发生，起着至关重要的作用。

全基因组甲基化研究方法主要有全基因组甲基化芯片、全基因组甲基化重测序(WGBS)和简化亚硫酸氢盐测序技术（RRBS），这些方法其实都有个共同的特点：信息量大，得到差异甲基化区域（DMR）非常多，但是价格昂贵，对个别区域覆盖度和测序深度不足，可能会导致遗漏或假阳性结果。因此，对这些方法筛选出来DMR，需要做进一步的验证，在队列样本中对目标区域进行甲基化检测，并分析目标区域与疾病/性状的关联，才能进一步为疾病与该DMR的关联提供流行病学的证据。

Hi-MethylSeq简介

目标区域甲基化重测序（Hi-MethylSeq），又叫重亚硫酸盐扩增子测序（Bisulfite Amplicon Sequencing， BSAS）。在前期全基因组甲基化测序、全基因组甲基化芯片等工作基础上，或者依据文献报道目的基因甲基化与性状/疾病关联，选择感兴趣的目的区间或候选基因，利用Hi-MethylSeq技术对大规模群体的候选基因甲基化水平进行检测。

Hi-MethylSeq技术通过亚硫酸氢盐（bisulfite）处理，用多重PCR扩增目的片段，添加barcode和测序通用接头，在Illumina X10二代测序平台对PCR产物进行高通量测序，利用生物信息学方法，精确定量计算目标区间内的甲基化位点的甲基化状态，在完成目标区域检测的同时大幅降低研究费用。