尽管基础研究在颠覆性创新中扮演着重要角色，但是它在DARPA的地位却一直是模糊的，它们之间有着剪不断理还乱的关系。早期的几任DARPA局长，如奥斯汀•贝茨将军（Austin Betts）、杰克•瑞纳（Jack Ruina）、罗伯特•斯普罗尔（Robert Sproull）和查尔斯•赫兹菲尔德（Charles Herzfeld）等，皆热衷于基础研究，即国防科技研发预算体系中的 6.1项。在他们的潜意识中，高质量研究和基础研究（6.1）是同义词。总统首席科学顾问詹姆斯•基利安（James R. Killian Jr）也坚持认为国防部有义务支持基础研究，并且像DARPA这样的机构也应该如此。然而，在1960年代到1970年代初期，不时有一些声音建议将国防部的基础研究集中起来，划归DARPA统一管理。这些声音有来自军方、学界、甚至国会，如国防部长梅尔文•莱尔德（Melvin R. Laird）的蓝带小组、时任美国国家科学院院长弗雷德里克•塞茨（Frederick Seitz）、以及美国国会的审计总署（GAO）。但是，有趣的是，该建议却遭到除来自军方的DARPA局长奥斯汀•贝茨将军外其他几位来自学界的局长的反对。其主要理由大致有如下几点：各军种需要保留基础研究以维持与外界科学家的联系和获得新思想；所有基础研究划归于一个机构将影响效率；DARPA应该关注基础研究（6.1），但主要工作是应用研究（6.2）和技术开发（6.3）。所以，虽然早期他们有偏向资助基础研究的情结，以致DARPA差点被撤销，但是理智上，他们也清楚DARPA不是国防部的自然科学基金（NSF）。例如，杰克•瑞纳在2007年的访谈中，认为DARPA项目的成就等于其与国防使命的相关性和研发质量的乘积，如果与使命无关，则无论研发质量多高，其值为零；或者如果研发质量为零，无论多相关，其值也为零。

实际上，在不同时期的国防部关于DARPA的指令中，从来没有明确提出DARPA具有支持基础研究的职责与职能。这一点，它不同于国防部其他一些研发机构，例如，海军研究办公室（ONR）在设立之初的法案中就明确了支持基础研究的职责与职能。因此，在DARPA的历史过程，不时会在基础研究的问题上遭到来自军方或学界的指责。2005年4月2日《纽约时报》一篇题为“五角大楼改变研究经费方向”的文章，批评DARPA的资助从基础研究偏向秘密研究和短期回报项目。作为回应，时任DARPA局长托尼•特瑟（2001-2009）在美国国会听证会上解释到，DARPA资助的目的是解决国家安全中的问题，而当前的问题需要涉及多学科交叉。DARPA在基础研究的资助额没有减少，只是在某些特定学科领域（计算机与电子工程）或大学有调整。

DARPA的年度经费预算一般主要包括三部分，即基础研究（6.1）、应用研究（6.2）和技术开发（6.3）。根据所能收集到的DARPA各年度分项预算，自2000年以来，DARPA的基础研究（6.1）经费所占份额大致在3%到13%之间（见下图），而应用研究（6.2）和技术开发（6.3）经费所占份额大致相等，分别各占40%多。如果与1975年以前相比，DARPA在那段时期的基础研究的投入比例大致为20%（参见DARPA故事（3）），那么，本世纪以来，该投入比例显著下降。从横向来看，在同期国防部的科技经费（即包括6.1、6.2、6.3三部分）分配比例中，其基础研究（6.1）经费所占份额大致在11%到17%之间（见下图）。从图中我们可以看出，DARPA在基础研究的投入比例也低于国防部。另外，DARPA在基础研究投入比例的波动范围较国防部更大，也在一定程度上反映了DARPA在项目资助上具有更大的灵活性，不愿刻意区分其研究类别。