对于高等的两性生殖植物和动物都表现出存在杂交优势现象，而且杂交优势在农业上已经被用于育种。但杂交优势的形成机制众说纷纭，还没有得到阐明。杂交优势可能产生于3个方面：一是杂交抑制了因变异形成的隐性性状的呈现；二是杂交可使不同来源的优良性状整合在一起，并有可能通过不同来源基因间的协同产生新的优良性状。如果基因变异在短期内产生的效果主要表现为负性，则第一种机制产生的杂交优势应是必然的；第二种机制的杂交优势在自然选择上是偶然的，但通过人工选择则产生必然的结果。第三个机制可能是基于印记基因的机制。印记基因的存在表明，母本基因和父本基因表达之间存在相互抑制的机制，而且该过程由基因表达所控制。杂交可以改变这种相互抑制的程度和表现，进而表现出杂交优势，这种机制在进化上应是必然的。