秦琼的武勇不容置疑，不说其在万军之中取上将首级的战绩，其使用的大铁枪已经成为传奇，不仅成为唐朝的国宝，“迄今国家每大陈设，必列于殿庭，以旌异之”，而且起到了威吓一些悍将的作用。尉迟恭因为宴会时有人（似应是宇文士及）座次比他高而不满，一拳打在劝架的李道宗眼睛上，差点失明。后来每逢宴会，李世民就将秦琼的铁枪抬出来，尉迟恭从此消停。

秦琼实际上也具备很强的统军能力，不过秦琼的统军能力并没有得到充分发挥。在玄武门事变前，唐朝的领军统帅基本上就是李渊的儿子和宗室，就连号称“军神”的李靖，也仅是作为李孝恭（宗室）的副手；而在玄武门事变后，秦琼就因伤病再没有出战。秦琼虽然没有作为一军统帅的战例，但在战斗中也展现出了其出色的统军才能：与罗士信率兵一千偷袭并击溃卢明月叛军；征讨孙宣雅，立下先登之功；黎阳之战，秦琼收拢瓦岗溃军与宇文化及军力战，反败为胜；在美良川击破尉迟恭；在介休击败宋金刚；攻打王世充和窦建德，李世民每以秦琼为先锋；在列人以五千骑兵横扫击破刘黑闼数万大军等。这些战绩无一不体现出秦琼出色的临阵统军和指挥能力。可以说，秦琼虽然不是统帅，但在消灭或击溃宇文化及、刘武周、王世充、窦建德以及刘黑闼等势力中居功至伟。

秦琼可以说是一个杰出的将才。