秦琼投降和效忠的对象是李渊而不是李世民，秦琼事秦王府受李渊指派，不是李世民家将和私臣。

在李世民和李建成之间，秦琼应更倾向于李世民，因为在李建成身边主要是出身陇右贵族的李渊家底，而秦琼是出身于山东士族的降将，更能融入李世民的班底。因此，秦琼可能会支持李世民，但不意味着会参与李世民与李建成之间的兄弟阋墙。

秦琼与李世民之间也有一点过节，即由于李世民的一个错误甚至可以说愚蠢的安排（也可能是有意），导致秦琼的最亲密战友罗士信深陷洺水而被刘黑闼杀害。秦琼虽然曾击溃刘黑闼，但最终消灭刘黑闼的是李建成。

玄武门事变前，秦琼已因功拜上柱国、大将军，封翼国公，是李世民身边地位最高的人，如果秦琼直接参与玄武门事变，李世民参与修改的史书中绝对会大书特书，来彰显李世民发动事变的正义，绝不会是轻描淡写。玄武门事变后，秦琼事实上没有得到封赏，反而地位大大下降。

秦琼作为隋将虽然先后投降瓦岗、王世充和大唐，但秦琼从来没有背叛其上司（除了王世充），来护儿评价秦琼：“此人骁勇彪悍，又有志向气节”，这个评价应该不虚。