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基于DNA数据预测人的血型

已有 2812 次阅读 2017-10-19 16:05 |个人分类:科研文章|系统分类:科研笔记

主要参考文章:BOOGIE: Predicting Blood Groups from High Throughput Sequencing Data

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0124579#pone.0124579.ref005


主要参考数据库:BGMUT: NCBI dbRBC database of allelic variations of genes encoding antigens of blood group systems (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3245102/)(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gv/rbc/xslcgi.fcgi?cmd=bgmut/home

BGMUT此数据库整合了目前常见的血型,以及其对应的DNA特征序列信息


BOOGIE是基于java开发的工具,整合了BGMUT中的35种血型以作为BOOGIE计算的参考数据。

此工具很方便运行,主要做好输入数据的整理,输入数据的格式:



运行命令参考:java -jar BOOGIE.jar ABO.csvb mygenome.txt



https://blog.sciencenet.cn/blog-306699-1081566.html

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