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QIIME2在Linux环境下的安装

已有 8034 次阅读 2017-7-21 15:54 |个人分类:科研文章|系统分类:科研笔记

   尝试在Linux环境下安装QIIME2,安装操作按照https://docs.qiime2.org/2017.6/install/native/


第一步:下载Miniconda,Linux下载到的文件是Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,直接sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh进行安装,

成功后,试了一下直接运行Python,报错信息提示

AttributeError: module 'enum' has no attribute 'IntFlag'

检查后,发现是原配置环境设置了export PYTHONPATH=/usr/lib/python2.7/site-packages/,修改后你安装Miniconda,运行OK


第二步:更新一下conda

conda update conda


第三步:

conda create -n qiime2-2017.6 --file https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2017.6-conda-linux-64.txt

此步会下载很多东西


第四步:

source activate qiime2-2017.6


第五步:

qiime --help




https://blog.sciencenet.cn/blog-306699-1067475.html

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