说起中医，王琦认为人的形与神不能分开来看。不可否认，借助于现代的仪器能把人体分解得很细，这是西医的进步。但是，反过来看，当你把一个人看作一个个细胞的时候，整体性就出问题了。人不仅有神经、血管、细胞，他还有对自然界、对社会的适应能力、心理态度、价值取向等。作为一个人，他是一个整体，不能只看局部。人生活在自然界里，一方水土养一方人，不同地域的人，体质也不一样。不同节气，人的身体状况也不尽相同，医生看病时这些都要问。古人有天人合一的思想，就是把人的精神和肉体合二为一来考虑。

   

    他举了一个例子，患同一种病的两个小姑娘看病，一个是东北人，一个是江浙人，中医开出的药方可能就完全不一样，因为两地的气候不同，两个人的体质不同，她们能接受的药物和药物对她们的影响都会不同，这些不是一支抗生素就能解决的问题。王琦说：“像这种情况，100个人可能有100个药方，不能复制，不能用目前的仪器设备分辨出来，不能用西医理论解释清楚，但它又确实需要。难道用抗生素就科学了？我开的药方就不科学了？二者属于完全不同的范畴，有不同的文化背景，为什么一定要把它们对立起来，分出谁是科学、谁是伪科学，岂不荒谬。”

 

    “在你面前有一朵菊花，不同的人会有不同的解读：植物学家说这是头状花序；化学家说这是酮类化合物；文学家说这是傲霜之花；中医则认为可以平肝明目。你说谁说的对？横看成岭侧成峰，角度不同，结论自然也会不同”。王琦举这个例子，是为了向记者说明人对事物的认知，应该是多样化的。

 

    “一个人淋了雨感冒了，你说这是因为病毒感染造成的，只有消炎才是科学。我用发汗驱寒的方法，激发机体抗病能力，病也能治好。同样是治病，凭什么说你的科学我的不科学？”王琦说。

 

     “中医和西医都是人类文明，中西医的讨论应该平和。我从来不说西医不科学，中医和西医的认知方法和价值体系不同，如果用西医的标准衡量中医，由于不懂中医就硬说中医是不科学的，这是不对的。”王琦把中西医定义为两个走不同道路的理论体系。他特意提到，方舟子批判《本草纲目》时，提到吊死人的绳子也能治病，他这是拿现代人的标准来要求明代人，他并没有看到《本草纲目》真正光辉的地方。

  

    王琦带领的课题组采用国际前沿的研究个体差异的方法——单核苷酸多态性（SNP）和拷贝数变异（CNV），为体质研究提供分子生物学解释。经过30年对全国21948例中医体质分类流行病学调查，初步掌握国人不同体质类型、不同年龄、性别、地区人群的基本特征及其分布规律。即中国人可分为9种基本体质类型：即平和质、气虚质、阳虚质、阴虚质、痰湿质、湿热质、血瘀质、气郁质和特禀质。

 

 

    在任何场合提及中医，方舟子都坚持一个论调：中医不是科学。他说这不是他独创的观点，只是作为传译者转达了国际生物医学界的主流观点而已。他举例说，美国国家卫生院和美国医学会都把中医和其他国家的民间医术一起归为“另类医学”，不属于医学科学。而国际反伪科学组织（CSICOP）则干脆认为中医是玄学、巫术、伪科学。

 

 什么是科学。方舟子逐条解析说，首先科学研究的是普适的自然规律，它没有国界，不具有民族、文化属性，没有一门科学学科是只有某个文化背景的人才能理解而其他文化背景的人无法掌握的。“你总不能说，这是中国的物理，那是美国的化学吧？既然物理化学不分国籍，怎么医学就能分出中国的还是外国的呢？所以，把中医当成中国特有的科学，把中医的科学地位不受西方科学界的认可归咎于西方人不了解中国文化，那是很荒唐的。”与之相比较，发展于西医的现代医学，就不需要国人先去学习西方文化才能掌握，“因为现代医学就是一门没有民族文化属性的科学嘛！”

  

    其次，科学有着被广泛接受的检验标准，例如逻辑的自恰性、可检验性、可证伪性、可测量性等。方舟子说，历代名医在医案中津津乐道自己曾经用什么处方治好了某个病人，患者在文章中现身说法介绍自己如何得益于某种药物，这些在现代医学看来都没有价值，因为就药物、疗法的疗效而言，个案没有一点说服力。

  

    记者问道，但是的确很多人认为感冒服用板蓝根冲剂或维C银翘片有效果。方舟子答道：“经验是经常靠不住的。吃了一种药，病就好了，并不等于这种药真正有效。而且感冒本来就是不吃药也可以自愈的，而服了药觉得有效，很可能还是心理暗示的结果。”

 

    方舟子说，一个中药药方往往有七八味药，在理论上君、臣、佐、使说得头头是道，在实际上却从来没有人想过要去做对照试验验证一下，看这七八味药是否真的都在起作用。“真正的科学精神，应是在做了大量的临床试验、进行统计之后才确定某种药方的疗效。而且临床试验必须采取双盲方法，并有安慰剂对照组。”

 

    “据我所知，没有哪一种中药已完全通过了如此严格的临床试验。如果以‘个体化治疗’为借口自欺欺人，拒绝临床试验，那就没什么可说的了。”

 

     在方舟子看来，中医最看重的上千年的经验虽然有时含有科学因素，但是经验本身并不是科学，单凭经验而不按科学方法加以研究是不可能归纳出科学理论的，所以“经验科学”的说法本身就不科学。    他以《本草纲目》为例，举证其中很多在今天看来相当离奇、荒唐的偏方。比如吃鱼卡刺了怎么办——把渔网煮成汁或烧成灰喝了，就能让鱼骨掉下。再如，有人上吊死了，把上吊的绳子拿来烧成灰，水服能够治狂癫。