做了几年的分子模拟，自学了一些分子可视化软件，不能说各个精通，但是比较之后有一点自己的认识。在网上逛的时候，特别是分子模拟论坛上很多初学者很纠结改学那个。其实任何一个想掌握的很精通都是不容易的，但是当你对每个软件有了一些认识以后，每个软件都差不多，不过就是达到一个目的所付出的工作量不同罢了。我把自己使用过的可视化软件简单介绍一下，希望对准备入手学习的童鞋一个参考。我主要考虑现在大家讨论比较多的pymol，vmd，chimera，rasmal和Jmol。

我用的比较多的是pymol和vmd，我想经常使用可视化软件的人的选择都差不多。

rosetta分子模拟博客上的一个对常用的可视化软件的投票，全世界的科学家最常使用的前三名软件是：PyMOL (37%)，VMD (19%)，Chimera (12%)。可见世界范围来讲，pymol确实是最受欢迎的，一个是因为它能非常容易的做出很炫的蛋白质图片，二个是它是python based。如果你对python比较熟悉，使用pymol会是你的不二选择，在pymol wiki中还有众多的由世界上的科学家们贡献的scripts，也大大方便了做图。

相对于pymol, vmd最大的优势就是简单和灵活。如果你没有任何分子建模的经验，建议从vmd入手，至少可视化的操作和友好的界面不会打击你建模的耐心。想vmd中导入轨迹和显示不同的结构也是相当的方便，但是相对于pymol，vmd的一个致命伤是输出。虽然vmd的主页上有很多超炫的图，但是想要做到那样的图光靠技术就不行了，还必需要有点艺术细胞了。哈哈，还好vmd可以用provay渲染输出，可以弥补一下vmd的缺陷。如果你学过tcl，可能用vmd会更舒服一些，至少很多强大的可视化目标都可以在vmd的tcl console中实现。vmd里面也可以装一下轨迹分析的插件，特别是跟NAMD的衔接，使得很多童鞋会更倾向于VMD。

再说说chimera，必须说明我用的不多。每次想到要快速而简单的加氢原子和优化模型的时候，我马上想到的就是chimera了，比起gromacs中的EM要快速了很多。chimera里面有实现预定好的图片模式，所以有时只需拖拖点点就可以得到一个不错的视觉效果。我周围做的分子对接和药物设计的人使用的较多。

最后是rasmal和Jmol了。rasmal刚开始学模拟的时候用过，这个软件的优点就是简单，功能相对简单，操作也简单。我多用来快速观察分子的构想，比vmd和pymol可以节省大概20秒的等待时间，哈哈。Jmol多用在网络上显示分子模型的结构，想必大家都用过，RCSB PDB数据库就有View in Jmol的选项。最近在做一个关于无机物矿石的模拟，网上的一些矿石的数据库里面的结构都是用Jmol来显示的，所以也有用过。这个就技术上讲要容易许多。

说了这么多，不是想告诉你应该用哪个，不应该用哪个。关键看自己的课题和目的，一般初学建议VMD，报告和文章用图用PYMOL，基本上就满足需要了。但是想把二个都学的很精通，就不是那么容易了。网上牛人巨多，希望大家能相互学习！！

中科院数据处理与统计


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