始于1990年的人类基因组计划（The Human Genome Project）开启了基因组时代。前期的基因组项目主要聚焦在各种模式生物，从原核生物（流感嗜血杆菌，1995）到真核生物（酿酒酵母，1996），从单细胞生物到多细胞生物（秀丽线虫，1998；果蝇，2000），从动物到植物（拟南芥，2000），从陆生生物到水生生物（河豚鱼，2002），从小基因组生物到大基因组生物（人，2001；小鼠，2002；大鼠，2004）。这些项目极大开阔了人类对生命认识的眼界，使人类的认识从描述性发展到分子水平。更重要的是，这些项目培育了新的基因组方法，形成正向反馈和链式反应，为推动基因组学领域的进一步发展打下基础，也促进了物种间的比较基因组学研究的开始。

这些模式生物基因组项目的成功，促进了非模式生物基因组项目，特别是重要农作物核畜牧动物的基因组测序。这些历史性进展促成了PAG会议的召开，并发展壮大。自1992年第一届PAG会议召开至今，PAG会议见证了所有动植物基因组项目的启动、发展和完成。迄今，几乎所有重要动植物基因组都得到测序。人们利用当时最先进的技术，获得了最高质量的基因组。当然，由于技术的局限，虽然获得的基因组虽然都被冠上“参考基因组”称号，但是它们的质量参差不齐。2017年第25届PAG会议的一个重要进展，就是人们开始关注参考基因组的质量，开发利用最新技术，构建“黄金级”、“白金级”参考基因组，并且开始系统地定义这个标准。具体内容在上一篇文章（PAG会议随笔之一：参考基因组“遍地开花”）中进行了介绍。

2017年PAG会议的另外一个重要进展是“重测序项目”（resequencing）的涌现。针对每一个重要动植物，除了构建参考基因组，人们都在开展大规模的重测序项目。这些重测序项目有很多实际意义，比如（通过GWAS分析）寻找决定优良性状的基因、动植物的驯化、以及跟踪物种的进化和起源。

动植物参考基因组项目，以及重测序项目，都产生了大量的基因组数据。这些数据在发表时往往只做了比较有限的分析，往往还存在巨大的潜在挖掘价值，是基因信息的金矿。 动植物参考基因组项目和重测序项目的爆发性的出现，使比较基因组学进入了一个黄金时代。这些比较基因组项目有些针对某个或某类物种（比如大豆），有些则针对一些研究主题（比如小RNA）。这里介绍今年PAG会议上报道的一些代表性比较基因组项目。

植物小RNA比较基因组学

美国University of Missouri的Blake Meyers系统比较了各种不同的小RNA，包括miRNA，siRNA，tasiRNA，phasiRNA，和hc-siRNA。这些小RNA 合成的方式不同，长度不同，作用的靶标不同，表达的组织不同，功能也不同。美国ColdSpring Laboratory（冷泉港实验室）的Rob Martienssen从功能（甲基化和表观遗传学，可变剪切）和应用（育种）方面深入介绍了小RNA。美国University of Georgia的KyungDo Kim对大豆品系的小RNA类型进行了比较分析，发现不同品系大豆合成的小RNA种类相差很大，通过GWAS分析发现，长度为24 NT的小RNA产量的降低与基因DCL3的突变相关。

系统发育基因组学（phylogenomics）

Universityof Georgia的Jim Leebens-Mack报告了它们在基因和基因组的比较基因组学分析方面的进展。Leebens-Mack认为，随着大量植物基因组的完成，植物比较基因组学，特别食系统发育基因组学时代已经到来。他系统介绍了一千个植物转录组项目（1000 PlantTranscriptome Project），进化树家族（TreeFam）项目，MADS Box基因家族，如何定义基因组家族，如何构建进化树，如何比较基于基因的进化树和基于物种的进化树等。

可变剪切的比较基因组研究

Universityof Florida的Brad Barbazuk报道了9个物种的可变剪切的保守性和进化。他说与动物相比，植物的可变剪切研究比较落后。可变剪切研究的一个重要问题是判断可变剪切的准确性。可变剪切可能受到很多因素的干扰，比如基因组组装，基因组的复杂性（全基因组重复），测序文库的质量可以导致intron retention的高估。Iso-Seq是一个研究转录和剪切的很好的方法，可以获得全长转录本信息，也获得可靠的可变剪切信息，只是目前的成本还是太高，还不能广泛使用于研究所有的物种，特别是表达含量较低的转录本。

2018年比较基因组学领域充满期待

随着更多动植物物种参考基因组的构建，重测序项目随之开展，在将来的一年里，随着大规模基因组或重测序项目的发起和推进，我们将看到比较基因组领域的飞速发展。2018年值得期待。