化学哲学(philosophy of chemistry)是科学哲学的一个分支,它所研究和探索的是化学科学的方法学和基本假设。在科学哲学的大部分时间里,物理哲学占据了主要地位,20世纪后期,化学学科浮现的哲学问题逐渐引起人们的关注。例如,化学到底是研究什么的?是否只是研究物质和反应的?为什么要用不存在的共振理论解释不同物质的结构和反应?应该如何讨论自然界存在的不对称性和手性?怎样用量子力学讨论化学现象?某些化学家或哲学家们更倾向于物质的化学,而不是微观结构。近年来,几位化学哲学家涌现出来,他们把研究焦点集中在化学的哲学问题方面。例如,2000年,荷兰哲学家Jaap van Brakel撰写了一本《The Philosophy of Chemistry》,马耳他哲学家和化学家Eric Scerri编辑了杂志《Foundations of Chemistry》,而且在2004年写了一本《Normative and Descriptive Philosophy of Science and the Role of Chemistry in Philosophy of Chemistry》。马耳他哲学家和化学家Eric Scerri对俄国化学家门捷列夫的《元素周期表》的哲学基础非常感兴趣,物理和化学之间如何交叉关联的呢,他指出这不仅仅是科学的本质,也是哲学的本质。Davis Baird、Eric Scerri和Lee McIntyre 于2005年出版了著作《Philosophy of Chemistry: Synthesis of a New Discipline (Boston Studies in the Philosophy of Science)》,指出化学哲学的提出,是化学从幼稚期走向成熟期的标志。
在化学领域尤其是合成有机化学,研究者们通过采用积极活跃的研究项目探索化学智能方法和哲学基础。例如,哈佛大学Elias James Corey提出了“逆合成”的概念,并从事了开创性的工作,在他的著作《The logic of chemical synthesis》中对化学合成的这些思维过程进行解构并通过计算机辅助合成设计预测。领导实现紫杉醇全合成的K. C. Nicolaou在与S. A. Snyder合著的书《Classics in total synthesis》中通过全合成中的经典案例也进行了目标、策略与方法的探索。