药物化学（medicinal chemistry）是一门建立在多种化学和生物学科基础上，应用化学和生物学原理研究药物和发展新药的一门交叉学科。国际纯粹化学与应用化学联合会（IUPAC）给出药物化学（medicinal chemistry）的定义是：Medicinal chemistry is a chemistry-based discipline, also involving aspects of biological, medical and pharmaceutical sciences. It is concerned with the invention, discovery, design, identification and preparation of biologically active compounds, the study of their metabolism, the interpretation of their mode of action at the molecular level and the construction of structure-activity relationships（译文：药物化学是一门基于化学的学科，包括生物学、医学、药学科学等。它涉及生物活性物质的发明、发现、设计、鉴定和制备、代谢研究、分子水平上的作用模式及其构效关系）。但是，对于多肽、类脂和糖轭合体在生物医药领域中的应用基础研究似乎应该需要药物化学领域建立一个新的亚学科-生物药物化学（biomedicinal chemistry）。

    生物大分子在生命过程中扮演着不可替代的作用。历史上，核酸和蛋白质以及多肽的人工合成取得了巨大的成功。随着化学生物学(chemical biology)的出现和发展，近年来，生物大分子的研究呈现出一些新的特点：具有生物特定功能的小RNA的合成与修饰；蛋白质和多肽的合成与修饰，生物活性寡糖的合成与修饰。所以，具有特定生物功能的修饰蛋白或多肽的设计、合成及性质研究、具有重要生物活性的寡糖及其轭合体的合成及功能研究；具有特定生物功能和效应的为导向的寡核苷酸的设计、修饰和研究，逐渐成为相关研究的焦点。

    生物药物化学（biomedicinal chemistry）主要通过进行学科交叉，集中在应用化学和生物技术上对多肽、脂质及糖轭合体开展研究。从疾病早期发现、生物标志物发现、治疗例如与淀粉样变性蛋白质转体基因疾病、疼痛、脂类代谢障碍、癌症、神经性退行性疾病、自身免疫性疾病、感染性疾病有关的严重人类疾病也是重点。学科研究内容似应包括基于特定的细胞信号转导途径，设计合理的多肽、脂质及糖轭合体并研究它们的ADME/T途径、配体-蛋白质相互作用的机制等，以及化学调制的概念，并利用现代药物化学技术利用蛋白质化学、有机化学、分子克隆、分析技术、分子建模、计算化学、组合化学、高通量筛选、固相有机合成、药物传递系统进行优化。

        生物药物化学（biomedicinal chemistry）应当借鉴化学生物学研究的方法和技术成果，研究大多数多肽、脂质及糖轭合体分子与体内生物大分子(受体、酶、DNA)相互作用的目标和行为。随着基于生物技术的方法和工具的发展，使得在类药性的基础上设计能够与生物大分子相互作用的靶向分子。