在16S rRNA扩增子分析中，rank abundance已经是必备的一项分析内容。它可以从OTU的层面总体的反映出物种的分布情况(丰度和均匀度)。如下图：

大多数资料只会对横纵坐标进行解释：

x轴反映的是各物种的丰度，物种丰度越高，样本落在x轴上的区间越大，如上图中Group5的物种丰度高于Group1;

整体来看，如果这条曲线下降得越平缓，则表明物种分布越均匀，上图中各物种的均匀程序相差不大。如果遇到某个样本生成的rank abundance曲线中，楼梯下得比较徒，即垂直的线越长表明这个OTU的丰度越大。

但是，rank abundance是怎样算出来的？为什么横纵坐标表示的是上述解释？一般都没有讲出来，这里给出rank abundance的算法，加深理解，理解了就可以自己动手来画。

rank abundance计算过程：

1. 获取每个样本中OTU的丰度值，例如从QIIME的otu table中获取。通俗来讲，即搞清楚样本（如上图中Group1），中每个OTU它代表了多少条序列。

2. 将每个样本中OTU的丰度值按照从大到小顺序进行排序。注意：这步最精华的部分，因此整个分析过程叫做rank abundacne!

3. 将每个样本归一化，获取每个样本OTU的相对丰度。例如样本1中有5个OTU，丰度分别为5，4，3，3，5，那么排序后为5，5，4，3，3，总丰度即sum(5，5，4，3，3)=20,归一化后的相对丰度为5/20=0.25， 5/20=0.25, ... 。

注意：样本的相对丰度和其它样本无关，例如样本1中有5个OTU，样本2中有7个OTU，那么样本1的sum值为这5个OTU丰度的总和，样本的sum值为7个OTU丰度的总和。

4. 对于每个样本， x轴是OTU的种类数，y轴是对应的OTU的丰度。例如样本1中有5个OTU，丰度分别为0.2，0.25，0.25，0.2，0.15，0.15（注意：这里是排好序的相对丰度）。那么按点（1,0.25）,(2,0.25),(3,0.2),(4,0.15),(5,0.15)画出梯形图， 一般画的都是下梯形（和正常的楼梯相似）。

5. 一般会将y轴取对数，要不然会相当难看。同时将所有样本y轴的刻度调整到一致。这样就完成了rank abundance图的绘制。

对于微生物多样性，人们最想了解的是两大关键指标：

1. 某个生境下，一个菌落中，有多少种菌（物种多样性）？

2. 每种菌含量是多少（物种丰度）？

rank abundance曲线能够从OTU的层面上很好的回答这两个问题[注意：是从OTU的层面上]：

1. 在rank abundance曲线中每一条垂直的线代表一个OTU，可以理解为一种菌

2. 每一条垂直线右侧的水平线（即楼梯的平台）表示该菌种含量