宇宙学中的暗物质（dark matter)是指那些自身不发射电磁辐射，也不与电磁波相互作用的一种物质。因而我们无法看到它。这些物质占宇宙中90%以上的物质含量，所以，我们可以看到的物质只占宇宙总物质量的约5%。

   类似地，在微生物中，我们不能通过培养的方法来观察研究的微生物物种超过99%，也就是说我们能够通过培养的方法来观察的微生物物种仅占1%不到。这些不能培养的微生物也可以类比为微生物世界中的“暗物质”。对这些“暗物质”的研究，我们就只能采用未培养法了，直接从微生物的生境中取样提取DNA或RNA，进行“指纹基因”测序、宏基因组文库构建和高通量测序等，来探知新的微生物种群、寻找新的有价值的基因。