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PNAS文章见刊了(纪念我的科学跨界之旅)

已有 509 次阅读 2021-11-5 14:05 |系统分类:科研笔记

文章终于见刊了。在这个CNS至上的年代,PNAS已经不是那么起眼了,但这篇文章对我个人而言却是非常重要的。因为它证明了我的实验动手能力。

我本硕都在北师念的基础数学,硕士毕业后还在公司干了几年程序员,博士却是念的物理。要是没有文章作为证明,光从我的简历来看的话,很少人会相信我能从一个算公式的转来搭光学台子和做生物实验。去年应聘中山大学物理系的时候,那里的秘书就把我的简历归到了应用数学一类,虽然我的简历里面有一整页的关于我的科研介绍。秘书把我的简历转给相关老师的时候,特意说明我是做应用数学的。最后他们说帮我申请特聘研究员,我就只好逃之夭夭了。。。。

从数学转到做实验物理是巧合,也是自己的兴趣,更是需要长远的规划。2012年的时候想出国念博士,结合自己编程和数学的能力,我申请的是Biomedical image processing方向的博士(选择这个方向也是由一个忘年交强力推荐)。2013年11月,我来到荷兰阿姆斯特丹自由大学物理系Marloes Groot教授实验室攻读博士学位,研究方向是显微镜脑图像分析。能来这个偏实验物理的实验室读博,就是我说的巧合。Marloes有显微镜脑肿瘤图像需要处理,但是整个物理系都没有人懂图像处理算法,而我会编程和算法,所以我就来了。。我的博士大部分时间都是在电脑面前度过的,C++编程,读算法文章,实现算法,改进算法,一直到博士第三年结束。当时在VUMC(自由大学的附属医院)任职的小老板Jan de C Munck觉得我的博士进展差不多了,就跟大老板Marloes商量我毕业的事情,大老板说可以啊,就安排我在物理系做了一场面对全系PI和学生的报告,并且由她给我做开场报告来暖场。报告结束的时候,做原子分子物理的大牛Wim Ubachs教授问了我一些非线性光学显微的问题。可我当时除了算法和公式,对光学和显微图像如何获取一无所知,后来还是靠老板帮我回答问题解了围。当然我现在也想不起来Wim当时问了什么问题了,但在那之后,我发邮件给Wim教授我能不能来他实验室学习光学实验技能。他表示很欢迎,还让一个快毕业的三哥给我在实验室划了一块光学台子出来,教我搭光路。同时,我也问大老板能不能教我做光学显微实验,大老板让一个美女同事Laura(后来Laura也成为了我的博士答辩助手)教我用了两次非线性光学显微镜。自那以后,我有空就从光学的基本原理补起直到能看懂一些非线性光学。在博士的最后一年,我就这样开始了自己的实验物理之旅。

2017年11月博士毕业之时,我的博士毕业论文里面,已经有了自己采集的肿瘤显微数据(后来于2019年发表在Advanced Science期刊上)。答辩之后,老板还有一些经费没花完,就顾我在实验室又干了一年博后,我就做了更多的实验,同时也还在Wim实验室搭台子,也自己详细看了一些脑肿瘤病理的文献和书。这奠定了我以后进一步搞光学和脑科学交叉研究的基础。2018年,我申请了荷兰的VENI基金,外审意见说我一个搞计算的,突然提出一个全是实验的项目书,怀疑我干不了(估计是看我没有发表偏实验的文章)。。。于是,博后合同结束之后,为了提高在光学显微和生物方向的实验技能,我到隔壁的Erwin Peterman教授实验室,学习单分子显微和纤毛相关的实验。这站博后为期1年半,我搭建了一套完整的单分子荧光显微镜并且做了一些改进,还学习了纤毛内运输。周末也时常加班,动手做了一序列的实验,最后成功了刻画了马达蛋白的超快单分子运动行为。最后的结果就是这篇PNAS的文章。虽然2019年我的VENI基金申请还是没有中(这次的意见说是我没有high-impact文章,当时Advanced Science那篇文章还没接收),但是我却点满了我的实验技能。以至于在PNAS这篇文章中,所有的实验都是我自己一个人做的,而大部分数据分析是由另外一个法国女同事完成的。从教育背景来看,我俩的角色应该对调才合理。。。

由于我自己对脑科学和神经科学特别感兴趣,2020年8月,我来到比利时的鲁汶大学Pieter Vanden Berghe教授实验室学习神经科学技术,我学会了养神经元,了解了膜电压,还做了一些神经退行性疾病(ALS和CMT)的动物实验。至此,我终于做上了我心心念念的脑科学,也彻底从搞数学的跨界到实验生物物理学,我也不用再跟别人解释我会做实验了。。。。所以,除了到物理系读博是巧合之外,后面的跨界学习,都是靠自己的争取和规划。当然,这也离不开荷兰开放的科研氛围。希望以后能出现更多的跨界者。

最后,附上PNAS文章的链接(标题:Direct imaging of intraflagellar-transport turnarounds reveals that motors detach, diffuse, and reattach to opposite-direction trains | PNAS),对单分子生物物理、纤毛内运输和马达蛋白感兴趣的朋友,欢迎阅读。

链接:https://www.pnas.org/content/118/45/e2115089118







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2 杨卫东 张鹰

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